若已经签订了不合理的协议并且该协议已经经过了法院的审理，处理方式需根据具体情况来分析：
若法院已作出有效判决：
- 尊重并执行判决：一旦法院对协议纠纷作出了有效判决，双方均应尊重并执行该判决。即使你认为协议内容不合理，但法院的判决具有法律效力，必须履行。
- 考虑上诉或再审：如果你认为法院的判决存在错误，如事实认定不清、法律适用错误等，你可以在法定期限内提出上诉或申请再审。但需要注意的是，上诉或再审的成功率并非百分之百，且需要充分的证据和理由支持。
若法院尚未作出判决或判决尚未生效：
- 提出异议或反诉：在诉讼过程中，如果你发现协议存在不合理之处，可以向法院提出异议或反诉，要求法院对协议进行审查或调整。
- 提供证据支持：为了证明协议的不合理性，你需要提供充分的证据，如协议签订时的背景、目的、双方的真实意思表示等，以支持你的主张。
关于协议不合理性的认定：
- 显失公平：如果协议在签订时存在显失公平的情况，如一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使协议成立时显失公平的，受损害方有权请求法院或仲裁机构予以撤销。
- 欺诈、胁迫：如果协议是在一方欺诈、胁迫的情况下签订的，受损害方也有权请求法院或仲裁机构予以撤销。
- 违反法律、行政法规的强制性规定：如果协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该协议自始无效，不受法律保护。
后续行动建议：
- 咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，建议你咨询专业律师的意见。律师可以根据你的具体情况，为你提供针对性的法律建议和解决方案。
- 收集并保存证据：无论你选择哪种方式处理协议纠纷，都需要收集并保存好相关证据，以支持你的主张。
- 保持冷静和理性：在处理法律纠纷时，保持冷静和理性至关重要。避免情绪化的决策和行为，以免对案件处理产生不利影响。
在处理此类问题时，请务必注意法律程序和时效要求。如果你对法院的判决有异议，应及时提出上诉或申请再审；如果你认为协议存在不合理之处，应在诉讼过程中及时提出异议或反诉。同时，建议你积极咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。