结论概述：针对您提出的“协议不合法且超过时效了怎么办”的问题，这主要涉及到两个层面：一是协议的合法性，二是诉讼时效的问题。我将分别就这两个层面进行详细解答，并给出相应的法律建议。
协议合法性的问题：
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。这意味着，如果一份协议因为内容违法、违反公序良俗或者存在欺诈、胁迫等情形而被认定为无效，那么这份协议从一开始就不具备法律效力。
- 法律建议：如果您认为协议不合法，首先应当确认协议无效的具体原因，并收集相关证据。然后，您可以考虑与对方协商，看是否能够达成一个合法且双方都能接受的解决方案。如果协商无果，您可能需要通过法律途径来确认协议的无效性，并寻求相应的法律救济。
诉讼时效的问题：
- 法律背景：诉讼时效是指权利人在一定期间内不行使权利，即在某种程度上丧失请求权的制度。根据《中华人民共和国民法典》的规定，一般的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但是，如果协议本身无效，那么基于该协议产生的权利义务关系也自始不存在，诉讼时效的起算点可能因此受到影响。不过，在实务中，若协议无效但一方已实际履行，另一方因此获得利益，受损方仍可能在知道或应当知道权益受损之日起三年内主张权益。
- 特殊情况：需要注意的是，如果协议涉及的是持续性的侵权行为或者合同无效后的返还财产等问题，诉讼时效的起算点可能会有所不同。例如，对于持续性侵权行为，诉讼时效可能从侵权行为终止之日起计算。
- 法律建议：如果您认为协议已经超过诉讼时效，首先应当确认诉讼时效的具体起算点和期间。然后，您可以评估对方是否可能提出诉讼时效的抗辩，并考虑是否有可能通过其他方式（如协商、调解等）解决争议。如果确实需要诉讼解决，您应当尽快咨询专业律师，评估诉讼风险和可行性。
综合建议：
- 针对协议不合法的问题，建议您首先确认协议无效的具体原因，并收集相关证据。然后，考虑与对方协商或通过法律途径解决争议。
- 针对诉讼时效的问题，建议您尽快确认诉讼时效的具体起算点和期间，并评估对方可能提出的抗辩。如果确实需要诉讼解决，请务必在诉讼时效期间内提起诉讼。
- 在整个过程中，建议您保持冷静和理性，避免采取过激或违法的行为。同时，及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
如果您有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。