结论：针对一天要求打两次卡，员工只打一次的情况，需根据具体原因和公司制度来处理，一般可采取沟通教育、依据制度处罚、完善制度等措施。以下为详细分析：

1. 沟通了解原因
   • 首先，公司应与该员工进行沟通，了解其只打一次卡的具体原因。有可能是员工疏忽大意忘记打卡，比如当天工作繁忙、个人事务干扰等导致忘记第二次打卡；也有可能是员工对打卡制度存在误解，不清楚一天需要打两次卡的具体要求；还有可能是员工故意为之，存在消极怠工等不良工作态度。通过沟通，能够准确把握问题的根源，为后续处理提供依据。
2. 依据公司制度处理
   • 若公司有明确打卡制度及相应处罚规定：如果公司在员工手册、规章制度等文件中明确规定了一天需打两次卡，以及未按规定打卡的处罚措施，如扣减工资、警告、记过等，那么公司可以依据制度对员工进行相应处罚。但在处罚前，要确保该制度已经向员工公示或告知，员工知晓并同意遵守。例如，公司可以通过培训、邮件、公示栏等方式将制度传达给员工。如果员工确实存在故意违反制度的行为，按照制度进行合理处罚是合法且合理的，这有助于维护公司的管理秩序。
   • 若公司制度不完善或未明确规定：如果公司没有明确的打卡制度或者制度中没有对一天打两次卡以及未打卡的情况作出规定，那么公司不能随意对员工进行处罚。此时，公司应尽快完善相关制度，明确打卡要求、违规处理等内容，并按照法定程序向员工公示或告知。在制度完善之前，对于员工只打一次卡的情况，只能以沟通教育为主，提醒员工遵守基本的考勤要求。
3. 考虑特殊情况
   • 因不可抗力等特殊原因未打卡：如果员工是因为不可抗力因素，如突发疾病、遭遇意外事故等无法进行第二次打卡，且能提供相关证明材料，如医院诊断证明、事故处理证明等，公司应给予理解和宽容，不应对其进行处罚。这种情况下，公司可以要求员工补办相关请假手续或说明情况，以确保考勤记录的完整性。
   • 打卡设备故障等非员工过错原因：若是因为打卡设备故障、网络问题等非员工自身原因导致无法完成第二次打卡，公司应及时排查和解决问题，并核实员工实际出勤情况。对于因此造成的未打卡记录，不应归责于员工，可要求员工提供相关的工作证据，如工作邮件、工作成果等，以证明其正常出勤。
4. 预防措施
   • 加强制度宣传和培训：公司应定期组织员工进行考勤制度的培训和宣传，确保员工熟悉打卡要求、流程以及违规后果。可以通过集中培训、线上学习、发放制度手册等方式，提高员工对考勤制度的认知度和遵守意识。
   • 优化打卡方式和设备：考虑采用更加便捷、稳定的打卡方式，如人脸识别打卡、手机定位打卡等，减少因打卡设备故障或操作不便导致的未打卡情况。同时，定期对打卡设备进行维护和检查，确保其正常运行。
   • 建立异常考勤沟通机制：当发现员工考勤出现异常，如只打一次卡时，公司应及时与员工沟通，了解情况并记录在案。避免因沟通不及时导致问题积累和矛盾激化。