结论：医院违规扣的奖金再补发，是否算违规需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
若医院最初扣奖金的行为本身违法：
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不得无故克扣劳动者工资或奖金。若医院因非法定原因（如非因劳动者过错、非依法制定的规章制度等）扣减奖金，则该行为本身即构成违法。
- 补发性质：即便医院后续补发了被违规扣减的奖金，其最初扣减奖金的行为仍然违法。补发只是纠正了之前的违法行为，但并不能改变最初行为的不合法性。
- 法律后果：劳动者有权要求医院支付被扣减的奖金，并可能依据法律规定要求医院支付赔偿金或承担其他法律责任。
若医院最初扣奖金的行为有合法依据，但后续补发：
- 法律背景：在某些情况下，医院可能根据依法制定的规章制度或劳动合同约定，对劳动者进行奖金扣减。例如，劳动者违反医院规章制度、未完成工作任务等。
- 补发性质：如果医院在后续发现扣减奖金的理由不成立或存在误解，或者出于其他合法原因（如医院政策调整、劳动者表现改善等）决定补发奖金，则这种补发行为本身并不构成违规。
- 法律后果：在此情况下，补发奖金是医院自愿纠正之前可能存在的误解或调整政策的行为，劳动者通常无权要求医院支付额外的赔偿或承担其他法律责任。
建议：
- 对于劳动者：如果认为医院扣减奖金的行为违法，应首先与医院沟通协商，要求医院说明扣减奖金的理由并提供相关证据。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于医院：应依法制定规章制度，明确奖金的发放条件和扣减标准，并确保这些规章制度经过民主程序制定并公示给劳动者。在扣减奖金时，应确保有合法依据并告知劳动者扣减的理由和依据。如果后续发现扣减奖金的理由不成立或存在误解，应及时补发奖金并向劳动者说明情况。
进一步思考：
- 在实际操作中，医院扣减奖金的行为往往涉及复杂的法律关系和事实认定。因此，在判断医院扣减奖金的行为是否违法时，需要综合考虑多种因素，包括医院的规章制度、劳动合同约定、劳动者的行为表现等。
- 如果劳动者对医院扣减奖金的行为有异议，建议及时咨询专业律师或劳动监察部门，以便更好地维护自己的合法权益。
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