核心结论：提交离职单后最后三天旷工，可能会面临工资扣减、影响离职证明开具、承担违约责任（如有）等后果，具体如下：
- 工资扣减方面
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 最后三天旷工，用人单位可能会以旷工为由，按照单位规章制度扣除相应天数的工资。如果单位规章制度规定旷工一天扣三天工资等类似条款，只要该规章制度经过民主程序制定、已向劳动者公示且不违反法律法规强制性规定，用人单位可以据此扣减工资，但同样要注意上述工资扣减的比例限制。
- 离职证明开具方面
- 《劳动合同法》第五十条规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
- 虽然法律没有明确规定旷工会影响离职证明的开具，但有些用人单位可能会以劳动者旷工违反单位规章制度为由，在离职证明上注明不利于劳动者的内容，比如“该员工在离职前存在旷工行为，严重违反公司规章制度”等。这可能会对劳动者后续寻找新的工作产生一定的影响。不过，如果用人单位开具的离职证明内容不实，劳动者有权要求用人单位重新开具。
- 违约责任方面
- 如果劳动者与用人单位在劳动合同或者专项协议中约定了服务期、竞业限制等条款，并且劳动者违反了这些约定，那么劳动者可能需要承担相应的违约责任。
- 例如，如果劳动合同中约定了服务期，劳动者在服务期内离职且无正当理由旷工，可能被视为违反服务期约定，用人单位可以要求劳动者按照约定支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
建议：
- 如果已经意识到旷工行为不妥，建议尽快与用人单位沟通，说明情况，表达自己愿意配合办理离职手续的态度，争取用人单位的谅解，避免矛盾进一步激化。
- 如果用人单位因此扣减工资过多或者开具不实离职证明，劳动者可以先与用人单位协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
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