结论：能否要回证书需分情况讨论，主要取决于证书的归属约定、合同条款以及证书的实际性质。以下是具体分析：
若合同明确约定证书归属员工，且公司出资仅为培训或支持性质
根据《民法典》关于合同履行的原则，若双方在劳动合同或补充协议中明确约定“公司出资考取的证书归员工个人所有”，则合同到期后员工有权要求公司返还证书原件。此时，公司的出资行为视为对员工的福利或培训支持，不改变证书的物权归属。
建议：检查合同中是否有类似条款，如有则可直接主张返还；若无明确约定，需结合其他证据（如公司规章制度、沟通记录等）证明双方存在“证书归员工”的默契。
若合同约定证书归公司所有，或证书与公司业务强相关且为员工履职必需
若合同中明确约定“证书由公司保管/使用，员工离职时需归还”，或证书属于行业准入类资质（如建筑师证、医师资格证等），且员工在职期间需持证上岗，则公司可能基于以下理由拒绝返还：
- 合同约定优先：双方已通过书面形式明确证书归属，员工需履行合同义务；
- 业务必要性：证书是公司开展业务的合法资质，返还可能导致公司无法正常经营；
- 行业惯例：部分行业（如建筑、医疗）要求证书必须由单位注册使用，员工离职后需办理变更手续。
建议：若合同有此类条款，员工需评估继续主张返还的可行性；若证书确属公司业务必需，可协商由公司支付一定补偿后返还，或通过劳动仲裁解决争议。
若合同未约定证书归属，但公司实际控制证书且员工无法自行补办
若合同未提及证书归属，但公司以“保管”名义扣留证书，且证书涉及员工个人职业资格（如律师证、注册会计师证等），员工可主张以下权利：
- 物权返还请求权：证书作为员工的职业凭证，其所有权归员工，公司无权扣留；
- 解除合同后的附随义务：根据《劳动合同法》第50条，公司应在解除或终止劳动合同时出具离职证明，并办理档案和社会保险关系转移手续，证书返还可视为类似义务；
- 举证责任：员工需证明证书由公司实际控制（如公司签收证书的记录、沟通记录等）。
建议：先与公司协商，要求返还证书并配合办理变更登记；若协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张返还证书并赔偿因扣留证书导致的损失（如误工费、职业机会损失等）。
补充说明：
- 若证书涉及国家秘密或特殊行业监管要求（如军工、核能领域），返还需符合相关法律法规的特殊规定；
- 实践中，部分公司会通过“服务期协议”约定员工需服务满一定期限，否则需赔偿培训费用或返还证书。若存在此类协议，员工需评估违约成本后再决定是否主张返还。
如有进一步细节（如合同条款、证书类型、公司态度等），可向我补充说明，我会为你提供更具体的分析。