结论：公司设定6000元底薪但实际只发放2000元作为考核工资，这种做法是否违法，需结合具体情况判断，若公司未明确考核标准、未与员工协商一致或考核结果不合理导致工资低于最低工资标准，则可能违法。以下从不同角度详细分析：
一、从劳动合同和工资约定的角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。劳动合同中应当明确约定工资标准、支付方式等关键条款。
若劳动合同中明确约定了6000元为底薪：
- 公司实际只发放2000元作为考核工资，且未与员工协商一致或未在劳动合同中明确考核工资的发放条件和标准，这种做法可能构成违约。员工有权要求公司按照劳动合同的约定支付全额工资。
若劳动合同中未明确约定底薪和考核工资的具体数额：
- 但公司通过规章制度或其他方式明确了6000元中包含底薪和考核工资，且员工对此表示接受，那么公司的做法可能不构成违法。然而，这种情况下，公司仍需确保考核工资的发放条件合理、公正，且不得低于当地的最低工资标准。
二、从最低工资标准的角度
根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。这是保障劳动者基本生活需求的法定底线。
若公司实际发放的2000元考核工资低于当地最低工资标准：
- 无论劳动合同中如何约定，公司的做法都构成违法。员工有权要求公司补足差额，并可能向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
若公司实际发放的2000元考核工资加上其他补贴、奖金等高于当地最低工资标准：
- 但底薪部分明显低于合理水平，且公司无法提供合理解释或考核标准不透明，这种做法也可能引发劳动纠纷。员工可以要求公司明确考核标准、提高底薪或调整工资结构。
三、从考核制度的合理性和透明度的角度
公司设定考核制度是为了激励员工、提高工作效率，但考核制度必须合理、公正、透明，且不得损害员工的合法权益。
若公司考核制度不合理或存在歧视性条款：
- 如考核标准模糊、主观性强、难以达到等，导致员工无法获得合理的考核工资，这种做法可能构成违法。员工有权要求公司修改考核制度或提供合理的解释和补偿。
若公司考核制度透明且合理：
- 但员工因个人原因未能达到考核标准，公司按照制度扣发部分工资，这种做法通常不构成违法。然而，公司仍需确保扣发工资的数额合理、合法，且不得低于最低工资标准。
建议与行动
与公司沟通：
- 首先，建议员工与公司进行沟通，明确考核工资的发放条件和标准，以及底薪的具体数额。如果公司无法提供合理解释或拒绝沟通，员工可以考虑采取进一步行动。
收集证据：
- 员工应收集与工资相关的证据，如劳动合同、工资条、考核制度等，以便在发生劳动纠纷时维护自己的合法权益。
寻求法律帮助：
- 如果员工认为公司的做法构成违法或侵犯了自己的合法权益，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在必要时，也可以寻求专业律师的帮助来维护自己的权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。