结论：在职员工仲裁公司加班费和克扣工资败诉后，公司解除合同是否有补偿，需根据解除合同的具体原因和合法性来判断。以下从不同角度进行分析：
一、公司合法解除合同的情况
法律依据：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，如果员工存在严重违反公司规章制度、严重失职或营私舞弊给公司造成重大损害等情形，公司有权合法解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
具体分析：
- 若公司解除合同是基于员工上述严重违反规章制度或失职等合法理由，且这些理由在仲裁或诉讼过程中得到了确认，那么公司无需支付经济补偿。
- 在此情况下，员工仲裁加班费和克扣工资败诉，并不直接影响公司解除合同的合法性，因此公司无需因此支付额外补偿。
二、公司违法解除合同的情况
法律依据：
- 同样根据《劳动合同法》，如果公司违法解除劳动合同，如无正当理由或未按照法定程序解除，员工有权要求公司支付经济补偿或赔偿金。
具体分析：
- 若公司解除合同的行为被认定为违法，那么员工除了可以要求公司支付原本应得的加班费和工资外，还可以要求公司支付经济补偿或赔偿金。
- 经济补偿的计算通常依据员工在公司的工作年限和月工资水平，具体公式为：经济补偿 = 工作年限 × 月工资（月工资高于当地职工月平均工资三倍的，按三倍计算，且补偿年限最高不超过十二年）。
- 若公司违法解除合同且给员工造成损害，员工还可以要求公司支付赔偿金，赔偿金通常是经济补偿的两倍。
三、员工仲裁败诉对公司解除合同补偿的影响
仲裁败诉的性质：
- 员工仲裁加班费和克扣工资败诉，仅表明员工在这两项诉求上未能获得仲裁机构的支持，并不直接决定公司解除合同的合法性或是否需要支付补偿。
综合判断：
- 公司解除合同是否有补偿，需综合考虑解除合同的原因、合法性以及员工的具体诉求和仲裁结果。
- 如果公司解除合同的行为合法且与员工仲裁败诉的事项无直接关联，那么公司无需支付额外补偿。
- 如果公司解除合同的行为违法或与员工仲裁败诉的事项有关联（如公司以员工仲裁败诉为由解除合同，但此理由不合法），那么员工有权要求公司支付经济补偿或赔偿金。
建议：
- 如果你面临这种情况，建议首先了解公司解除合同的具体原因和依据。
- 如果认为公司解除合同的行为违法或不合理，可以收集相关证据并咨询专业律师（即向我咨询），以维护自己的合法权益。
- 在处理此类纠纷时，保持冷静和理性，通过合法途径解决问题。