结论：关于三个村民诉讼请求村委会与建筑商签订的合作协议无效，其主体是否适格的问题，这主要取决于村民是否与该协议有直接的利害关系。若村民能证明其与协议有直接利害关系，则主体适格；反之，则不适格。以下从不同角度进行详细分析：

1. 利害关系原则：

   • 在合同法领域，通常只有合同的当事人或者与合同有直接利害关系的第三人，才有权提起确认合同无效的诉讼。这是因为合同具有相对性，其效力主要影响合同双方当事人的权益。
   • 如果三个村民能够证明他们与村委会与建筑商签订的合作协议有直接的利害关系，比如该协议的实施直接影响了他们的土地权益、居住权益或其他合法权益，那么他们作为利害关系人，是有权提起诉讼请求确认合同无效的。

2. 村民自治与集体利益：

   • 另一方面，如果合作协议是村委会基于村民自治原则，为了集体利益而签订的，且三个村民并不能证明该协议直接损害了他们的个人利益，而是仅仅基于集体利益的考虑提出异议，那么他们作为诉讼主体的适格性就可能受到质疑。
   • 在这种情况下，可能需要考虑通过村民会议或村民代表会议等民主程序来解决争议，而不是直接通过诉讼途径。

3. 具体案例与司法实践：

   • 在司法实践中，法院会综合考虑多种因素来判断诉讼主体是否适格，包括但不限于协议的内容、实施方式、对村民权益的影响程度等。
   • 如果存在类似案例，法院可能会参考先前的判决来认定村民的诉讼主体资格。例如，如果先前有案例认定类似情况下的村民具有诉讼主体资格，那么本案中的村民也可能被认定为适格主体。

4. 法律建议：

   • 对于三个村民来说，如果他们认为合作协议无效，首先应当收集证据证明他们与该协议有直接的利害关系。
   • 其次，他们可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和诉讼策略，以便更好地维护自己的权益。
   • 最后，如果协商和调解无果，他们可以考虑通过法律途径提起诉讼，但在此之前应确保自己具备诉讼主体资格。

可能法律后果：

• 如果村民被认定为适格主体，且法院最终判决合作协议无效，那么村委会和建筑商可能需要承担相应的法律责任，包括返还财产、赔偿损失等。
• 如果村民被认定为不适格主体，那么他们的诉讼请求可能会被法院驳回，他们需要通过其他途径（如村民自治程序）来解决争议。

综上所述，三个村民诉讼请求村委会与建筑商签订的合作协议无效，其主体是否适格取决于他们是否能证明与该协议有直接的利害关系。如果有问题，可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你提供更详细的法律建议。