若因村作为征收土地主体导致协议无效，可通过以下方式处理：

1. 确认协议无效的法律依据
   根据《土地管理法》第四十七条及《民法典》第一百五十三条，土地征收主体必须是县级以上人民政府，村委会作为基层群众性自治组织，无权独立实施征收行为。若村委会未经法定程序、超越职权范围签订征收补偿协议，该协议可能因违反法律强制性规定而被认定无效。此时，被征收人可依据《民法典》第一百五十七条主张返还财产或赔偿损失。

2. 分情况处理无效协议的后果

   • 若协议尚未履行：双方可协商解除协议，村委会应返还已收取的财物（如土地、房屋钥匙等），被征收人退还已获得的补偿款。若协商不成，可向法院起诉确认协议无效，并要求恢复原状。
     
   • 若协议已部分履行：例如村委会已拆除房屋但未支付补偿款，被征收人可要求村委会赔偿损失，包括房屋价值、搬迁费用等。法院会根据双方过错程度分配责任，若村委会存在故意隐瞒主体资格等过错，可能承担主要赔偿责任。
     
   • 若协议已完全履行：被征收人已交出土地并获得补偿，但村委会无征收权，此时协议仍属无效。被征收人可主张补偿标准不合理（如低于法定标准），要求村委会补足差额；若村委会拒绝，可向县级政府申请行政裁决或直接起诉。

3. 关键证据收集与诉讼策略

   • 证据收集：需重点收集村委会实施征收的证据（如公告、补偿协议、付款凭证等），以及证明自身损失的证据（如土地权属证明、房屋评估报告等）。
     
   • 诉讼时效：根据《民法典》第一百八十八条，请求确认合同无效不受诉讼时效限制，但主张赔偿损失需在知道或应当知道权利受损之日起3年内起诉。
     
   • 被告确定：若村委会以自身名义签订协议，应将其列为被告；若协议加盖乡镇政府公章或村委会声称受乡镇政府委托，可能需追加乡镇政府为共同被告。

4. 行政救济途径的补充
   若村委会的征收行为涉及行政强制（如强制拆除房屋），被征收人可依据《行政强制法》第八条，以乡镇政府或县级政府为被告提起行政诉讼，要求确认强制行为违法并申请国家赔偿。此时需注意，行政诉讼的起诉期限为知道或应当知道行政行为之日起6个月内。

建议：处理此类纠纷需结合协议履行情况、证据充分性及地方政策综合判断。若涉及复杂法律程序或大额赔偿，可进一步向我提供协议文本、征收公告等材料，以便制定具体维权方案。