若承建方与村委会签订的协议被认定无效，想要通过诉讼解决相关争议，可按以下步骤进行，核心要点在于明确诉讼请求、确定管辖法院、准备证据材料并遵循诉讼流程：

1. 明确诉讼请求
   协议无效的诉讼通常涉及确认合同无效、返还财产、赔偿损失等请求。需根据具体争议焦点确定诉求，例如：

   • 若协议因违反法律强制性规定无效（如未履行招投标程序），可主张确认合同无效；
     
   • 若一方因协议取得财产（如工程款、保证金），可要求返还；
     
   • 若因协议无效导致损失（如施工成本、预期利益），可主张赔偿。
     提示：诉讼请求需具体、明确，避免笼统表述，否则可能因“请求不明确”被法院驳回。

2. 确定管辖法院
   根据《民事诉讼法》第24条，合同纠纷一般由被告住所地或合同履行地法院管辖。村委会作为被告时：

   • 被告住所地为村委会所在地；
     
   • 合同履行地通常为工程所在地（如施工地）。
     例外：若协议中约定了仲裁条款，需先申请仲裁，而非直接起诉。

3. 准备证据材料
   需围绕“协议无效”的核心事实收集证据，例如：

   • 协议文本：证明双方存在合同关系；
     
   • 无效事由证据：
     
     • 违反法律强制性规定（如未取得施工许可证、未招投标）；
       
     • 村委会无权处分（如未经村民会议或村民代表会议决议）；
       
     • 恶意串通损害集体利益（如低价承包、利益输送）；
       
   • 履行情况证据：如施工记录、付款凭证、损失清单等，用于支持返还或赔偿请求。
     注意：证据需形成完整链条，避免单一证据孤立。

4. 诉讼流程

   • 起诉：向法院提交起诉状、证据清单及副本，缴纳诉讼费；
     
   • 答辩与反诉：村委会可能在答辩期内提出抗辩或反诉（如要求赔偿违约损失）；
     
   • 开庭审理：法院组织质证、辩论，重点审查协议效力及责任承担；
     
   • 判决与执行：法院判决后，若对方不履行，可申请强制执行。
     提示：诉讼周期通常为3-6个月，复杂案件可能延长，需做好时间规划。

5. 特殊情形处理

   • 村委会主体资格：需确认村委会是否依法成立，若被撤销或合并，需变更被告为继承主体（如新村委会或经济合作社）；
     
   • 集体成员权益保护：若协议损害村民利益，村民可依据《村民委员会组织法》第36条，申请法院撤销协议或主张赔偿；
     
   • 行政干预风险：若协议涉及政府审批事项（如土地征收、规划许可），可能需先通过行政复议或诉讼解决前置程序。

行动建议：

1. 尽快委托律师介入，协助梳理证据、制定诉讼策略；
   
2. 起诉前可尝试协商或调解，降低诉讼成本；
   
3. 关注诉讼时效，确认协议无效请求是否受3年诉讼时效限制（部分情形可能适用最长20年保护期）。
   

如有进一步细节（如协议内容、无效事由等），可随时补充说明，我会为你提供更具体的分析。