若挂靠公司没有挂靠协议，首先需要明确的是，这确实会给双方带来一定的法律风险和不确定性，但并非无法解决。以下是从不同角度给出的分析和建议：
法律风险分析：
- 挂靠关系的认定：在没有书面挂靠协议的情况下，挂靠关系的认定可能会变得复杂。通常，法院或仲裁机构会依据双方的实际行为、交易习惯、行业惯例以及相关证据来综合判断是否存在挂靠关系。
- 权利义务的模糊：缺乏书面协议可能导致双方对各自的权利和义务存在争议，如费用支付、责任承担、业务范围等，这可能在后续合作中引发纠纷。
应对措施：
- 收集证据：尽管没有书面协议，但双方可以通过收集其他证据来证明挂靠关系的存在，如转账记录、业务往来邮件、聊天记录、合作过程中的文件等。这些证据应能体现双方的合作模式、权利义务分配等关键信息。
- 协商补充协议：如果双方仍希望继续合作，可以协商签订一份补充协议，明确双方的权利义务、合作期限、费用支付等关键条款。这有助于减少未来的法律风险和不确定性。
- 寻求法律帮助：如果双方无法就挂靠关系或相关事宜达成一致，可以寻求专业律师的帮助。律师可以根据双方提供的证据和实际情况，提供法律意见，并协助双方通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。
预防措施：
- 签订书面协议：为了避免未来的法律风险和不确定性，双方在建立挂靠关系时，应尽可能签订书面协议，明确双方的权利义务、合作期限、费用支付等关键条款。
- 定期审查协议：随着合作关系的深入和市场环境的变化，双方应定期审查挂靠协议，确保协议内容仍然符合双方的实际需求和法律规定。
- 保留相关证据：在合作过程中，双方应妥善保留与挂靠关系相关的所有证据，如转账记录、业务往来邮件、聊天记录等，以备不时之需。
最后，需要强调的是，虽然缺乏书面挂靠协议会增加法律风险和不确定性，但并不意味着无法解决。通过收集证据、协商补充协议或寻求法律帮助等方式，双方仍然可以维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。