结论：公司辞职时，工资是否应全部结清需分情况讨论，但通常情况下，公司应在员工离职时一次性结清所有工资。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律法规角度
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者在离职时，用人单位应当一次性结清其工资报酬。这是劳动者的合法权益，用人单位不得无故拖欠或克扣。具体来说：
- 《劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《劳动合同法》第五十条：用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。虽然此条未直接提及工资结清，但结合劳动法精神，离职时应结清工资是隐含的要求。
二、实际操作角度
在实际操作中，大多数正规公司都会遵循法律法规，在员工离职时一次性结清所有工资。然而，也存在一些特殊情况或个别公司可能因各种原因（如财务流程、资金周转等）未能及时结清。此时，你可以采取以下措施：
- 与公司协商：首先，可以尝试与公司的人力资源部门或财务部门进行沟通，了解工资未结清的具体原因，并协商一个合理的结清时间。
- 申请劳动仲裁：如果协商无果，你可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资。劳动仲裁机构会根据相关法律法规和实际情况作出裁决。
- 提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满意，你还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
三、特殊情况说明
虽然通常情况下离职时应结清工资，但也存在一些特殊情况可能影响工资的结清时间或方式：
- 经济补偿或赔偿：如果公司因违法解除劳动合同等原因需要向你支付经济补偿或赔偿，这部分费用可能会与工资一起结算，但具体时间可能因公司财务流程而异。
- 工资计算争议：如果双方对工资计算存在争议（如加班费、奖金等），可能需要先解决争议后再结清工资。
- 公司财务困难：在极少数情况下，公司可能因财务困难无法及时结清工资。此时，你可以与公司协商分期支付或采取其他措施，但务必确保有书面协议作为凭证。
建议：在离职时，务必与公司确认工资结清的具体时间和方式，并保留好相关证据（如工资条、离职证明等）。如果遇到工资未结清的情况，及时与公司沟通并寻求法律帮助。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。