结论：单位在员工持有医院开具的三个月病假证明的情况下不让休息，这种做法是不合法的。员工有权依据病假证明享受相应的医疗期，单位不得随意剥夺。
法律背景与解释：
医疗期的法律规定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。
- 医疗期内，单位不得解除劳动合同，且应支付病假工资或疾病救济费，具体标准由地方规定，但不得低于当地最低工资标准的80%。
病假证明的效力：
- 医院开具的病假证明是员工享受医疗期的重要依据。单位在收到员工提交的病假证明后，应当予以认可，并安排员工休息。
- 如果单位对病假证明有异议，可以要求员工提供进一步的医疗证明或进行医疗鉴定，但在未得出明确结论前，不得剥夺员工的医疗期。
单位的违法后果：
- 如果单位在员工持有有效病假证明的情况下不让休息，可能构成违法解除劳动合同或未支付病假工资等违法行为。
- 员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位承担违法责任，包括支付赔偿金、补发病假工资等。
法律建议：
与单位沟通：
- 首先，建议员工与单位进行沟通，明确说明自己持有医院开具的病假证明，要求单位按照法律规定安排休息并支付病假工资。
保留证据：
- 员工应妥善保管好医院开具的病假证明、与单位的沟通记录等证据，以备不时之需。
寻求法律援助：
- 如果单位拒绝履行义务，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，寻求法律援助。在投诉或申请仲裁时，应提供充分的证据证明自己的权益受到侵害。
可能的情况与应对：
- 单位提出异议：如果单位对病假证明提出异议，员工可以要求单位提供具体的异议理由，并考虑提供进一步的医疗证明或进行医疗鉴定以证明自己的病情。
- 单位拒绝支付病假工资：如果单位拒绝支付病假工资，员工可以依据相关法律规定向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位补发病假工资并可能支付赔偿金。
总之，员工在持有医院开具的病假证明的情况下，有权享受相应的医疗期并获得病假工资。如果单位不让休息或拒绝支付病假工资，员工应积极维护自己的合法权益，必要时寻求法律援助。有问题可以直接向我咨询。