未及时清理超过保质期食品的处罚需根据具体违法情形确定，主要涉及行政处罚，情节严重的可能承担刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处罚
   根据《中华人民共和国食品安全法》第三十四条、第一百二十四条，经营超过保质期的食品属于违法行为，监管部门可依据情节轻重作出以下处罚：
   

• 没收违法所得及涉案食品：包括未清理的过期食品及已销售该食品的违法所得；
  
• 罚款：货值金额不足一万元的，处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，处货值金额十倍以上二十倍以下罚款；
  
• 情节严重的处罚：若存在多次违法、拒不改正或造成严重后果（如引发食品安全事故），可吊销许可证，并由公安机关对直接责任人处五日以上十五日以下拘留。
  

1. 刑事责任（情节严重时）
   若经营过期食品的行为符合《中华人民共和国刑法》第一百四十三条“生产、销售不符合安全标准的食品罪”的构成要件（如导致食物中毒或其他严重食源性疾病），可能面临：
   

• 三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
  
• 对人体健康造成严重危害或有其他严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金；
  
• 后果特别严重的，处七年以上有期徒刑或无期徒刑，并处罚金或没收财产。
  

1. 其他法律后果
   

• 民事赔偿：若消费者因食用过期食品遭受损害，可依据《中华人民共和国民法典》要求经营者赔偿医疗费、误工费等损失；
  
• 信用惩戒：违法信息可能被纳入企业或个人信用记录，影响后续经营资质审批或贷款等。
  

建议：经营者应建立严格的食品保质期管理制度，定期检查库存并及时下架过期食品，避免法律风险。若已因该问题被处罚，可进一步向我咨询具体应对措施。