未及时清理超过保质期食品原料是违法行为，将依据《中华人民共和国食品安全法》及相关法规受到严厉处罚。以下是从不同角度对处罚依据的详细分析：
一、共同处罚措施
责令改正：
- 食品生产经营者一旦发现存在未及时清理过期食品原料的情况，必须立即采取措施进行整改。行政部门将监督并在规定时间内要求完成整改，以确保消费者的健康不受危害。
罚款：
- 根据违法生产经营的食品货值金额进行罚款。具体标准如下：
- 货值金额不足一万元的，罚款通常在二千元至五万元（对于食品经营者）或五万元至十万元（对于食品生产企业）之间。
- 货值金额一万元以上的，罚款则在货值金额的五倍至十倍（对于食品经营者和餐饮服务提供者）或十倍至二十倍（对于食品生产企业）之间。
- 计算公式示例：若某食品经营者的过期食品原料货值金额为8000元，则罚款范围可能在2000元至50000元之间，具体数额由行政部门根据违法情节确定。
没收违法所得和违法物品：
- 相关部门将没收因未及时清理过期食品原料而获得的违法所得，以及违法经营的食品原料本身。同时，用于违法生产经营的工具、设备、原料等也将被一并没收。
吊销许可证：
- 对于情节严重，如导致消费者健康受损或存在重大食品安全隐患的，食品生产经营者可能会被吊销相关的食品生产经营许可证，从而失去从事该行业的资格。
二、特定主体处罚措施
食品经营者（如超市、商店等）：
- 除上述共同处罚外，若构成犯罪，如生产、销售不符合安全标准的食品罪，还将依法追究刑事责任。
餐饮服务提供者：
- 情节严重的，除了罚款和没收违法所得外，还可能面临责令停产停业的处罚。
食品生产企业：
- 企业法定代表人、主要负责人等相关责任人，在情节严重时，除了企业被吊销生产许可证外，还可能被限制从事食品生产经营管理工作。
三、民事赔偿责任
- 若过期食品原料导致食品安全事故或对消费者健康造成损害，食品生产经营者还需承担相应的民事赔偿责任。这包括但不限于医疗费、护理费、误工费等直接损失，以及消费者因维权而支出的合理费用。
四、法律背景与建议
- 法律背景：我国《食品安全法》及相关法规对食品生产经营者的行为进行了严格规范，旨在保障消费者的饮食安全。未及时清理过期食品原料不仅违反了这些规定，也严重威胁了消费者的健康安全。
- 法律建议：食品生产经营者应严格遵守相关法律法规，建立健全食品管理制度，包括定期检查食品原料的保质期、及时清理过期食品原料等。同时，行政部门也应加强监督检查，对违法行为依法严惩不贷，以维护市场秩序和消费者权益。
总结：未及时清理超过保质期食品原料是严重的违法行为，将受到法律的严厉制裁。作为食品生产经营者，务必严格遵守相关法律法规，确保食品安全。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。