您好，关于公司不报备不定时工作制可能产生的后果，这是一个涉及劳动法规的重要问题，我将为您详细解答。
首先，不定时工作制是一种特殊的工时制度，它主要适用于那些因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按照标准工作时间衡量或是需要机动作业的劳动者。根据相关规定，实行不定时工作制必须满足两个条件：一是确实由于工作性质特殊无法按照标准工作时间衡量或是需要机动作业；二是必须经过劳动行政部门的审批。
如果公司未按照法定程序报备并实行不定时工作制，可能会面临以下后果：
行政处罚：根据《劳动保障监察条例》第二十五条，用人单位违反劳动保障法律、法规或者规章延长劳动者工作时间的，由劳动保障行政部门给予警告，责令限期改正，并可以按照受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准计算，处以罚款。这意味着，如果公司未报备不定时工作制，实际上可能是在违法延长劳动者的工作时间，从而面临行政处罚的风险。
加班费支付义务：即使公司声称实行不定时工作制，但如果实际上并未按照该制度进行管理，如仍然要求员工固定打卡、固定工作时间等，那么公司仍需按照标准工时制支付加班费。以您提到的案例为例，尽管公司取得了不定时工时制的批复，但实际仍对员工实行固定打卡、固定工作时间的管理模式，并未真正实行不定时工时制，因此法院判决公司需支付员工主张的合理加班费。
法律纠纷风险：未报备不定时工作制还可能引发劳动争议和法律纠纷。员工有权向劳动行政部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼等法律程序来维护自己的合法权益。这不仅会给公司带来法律上的麻烦和经济上的损失，还可能影响公司的声誉和形象。
因此，我建议您公司务必按照法定程序报备并实行不定时工作制（如果确实符合实行条件的话），以确保合法合规地管理员工的工作时间，并避免不必要的法律风险和纠纷。同时，公司也应加强对不定时工作制的管理和监督，确保员工的工作时间和休息时间得到合理安排和保障。