结论：不定时工作制未在劳动部门备案，员工不一定能直接获得赔偿，但企业可能因此面临行政处罚，且若因此损害员工权益，员工有权要求赔偿。

详细分析：

1. 不定时工作制备案的法律要求：

   • 根据相关法律法规，企业实行不定时工作制需要向劳动行政部门进行备案或审批。这是企业合法实行不定时工作制的前提条件。

2. 未备案的法律后果：

   • 行政处罚：企业未按照规定进行备案或审批，劳动行政部门有权对其进行行政处罚，如警告、罚款等。
   • 员工权益保护：虽然未备案本身不直接导致员工获得赔偿，但如果企业因此未按照不定时工作制的规定安排员工工作，如超时工作、未支付加班费等，员工有权要求企业支付相应的赔偿。

3. 员工获得赔偿的条件：

   • 存在损害事实：员工需要证明企业未备案不定时工作制且因此损害了其合法权益，如未支付加班费、未安排休息时间等。
   • 因果关系：员工需要证明其损害事实与企业未备案不定时工作制之间存在因果关系。
   • 法律依据：员工需要依据相关法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等，来主张其赔偿请求。

4. 实际操作建议：

   • 收集证据：员工应收集相关证据，如工作记录、工资单、加班通知等，以证明企业未按照不定时工作制的规定安排工作且损害了其权益。
   • 协商解决：员工可以先与企业进行协商，要求企业支付相应的赔偿或调整工作安排。
   • 申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求企业支付赔偿。

特殊情况说明：

• 如果企业虽然未备案不定时工作制，但实际上已经按照不定时工作制的规定安排员工工作，且未损害员工权益，那么员工可能难以获得赔偿。但企业仍可能面临劳动行政部门的行政处罚。

总结与建议：

• 企业应严格遵守相关法律法规，及时向劳动行政部门备案不定时工作制，以避免不必要的法律风险和行政处罚。
• 员工在发现企业未备案不定时工作制且损害其权益时，应积极收集证据并寻求法律途径维护自己的合法权益。

如有任何进一步的问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。