当法院的“本院认为”和判决结论与查明事实存在矛盾冲突，且未按查明的事实进行裁定时，这主要违反了《中华人民共和国民事诉讼法》中关于审判原则的相关规定。具体来说，可以从以下几个角度进行详细分析：
违反了以事实为依据、以法律为准绳的审判原则：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第七条的规定，人民法院审理民事案件，必须以事实为根据，以法律为准绳。这意味着法院在作出判决时，必须确保判决结论与查明的事实相一致，且符合相关法律法规的规定。
- 分析：如果法院的判决结论与查明事实存在矛盾，那么这种判决就缺乏事实基础，违反了上述审判原则。在这种情况下，当事人有权对判决提出异议，甚至通过上诉或申请再审等法律途径来维护自己的合法权益。
可能违反了判决的逻辑性和合理性要求：
- 法律依据：虽然《中华人民共和国民事诉讼法》没有直接规定判决必须具有逻辑性和合理性，但判决作为法院对案件的最终处理结果，必须符合逻辑和常理，才能被当事人和社会所接受。
- 分析：如果判决结论与查明事实相矛盾，那么这种判决在逻辑上显然是不成立的。它可能让当事人对法院的公正性和专业性产生质疑，进而影响司法权威和公信力。
可能构成程序违法或实体违法：
- 程序违法：如果法院在审理过程中没有充分查明事实，或者没有按照法定程序进行审理，导致判决结论与查明事实相矛盾，那么这种行为可能构成程序违法。
- 实体违法：如果判决结论本身违反了相关法律法规的规定，或者与查明事实相悖导致实体处理结果不公正，那么这种行为则构成实体违法。
- 分析：无论是程序违法还是实体违法，都可能导致判决被撤销或改判。当事人可以根据具体情况，选择适当的法律途径来维护自己的权益。
针对这种情况，当事人可以采取以下措施：
- 仔细审查判决书：首先，当事人应仔细审查判决书中的“本院认为”部分和判决结论，确认是否存在矛盾冲突。
- 提出异议或上诉：如果发现判决结论与查明事实相矛盾，当事人可以在法定期限内向上一级人民法院提出上诉，或者向原审人民法院提出异议。
- 申请再审：如果判决已经生效，但当事人认为判决存在错误，且符合再审条件，可以向人民法院申请再审。
建议：在处理此类法律问题时，当事人应保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。同时，也可以寻求专业律师的帮助，以便更好地理解和应对复杂的法律程序。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。