当面对员工违反公司规定自动离职的情况时，企业需要采取一系列合法合规且细致周到的步骤来妥善处理。以下是我为您详细梳理的处理流程：

一、核实离职情况并留存证据

1. 多渠道核实：首先，企业应通过多种方式核实员工的离职情况，包括查看考勤记录、与同事沟通了解、尝试联系员工本人及其紧急联系人等，确保确认员工确实已自动离职且无返回意向。
2. 留存关键证据：在核实过程中，务必留存好相关证据，如考勤异常记录、同事证言、通讯记录等，这些证据在后续可能出现的劳动纠纷中将起到关键作用。

二、依法履行通知程序

1. 书面通知返岗：确认员工自动离职后，企业应以书面形式（如EMS、电子邮件等可追踪的方式）向员工发送《返岗通知书》，明确要求其在规定期限内返回公司办理离职手续，包括工作交接、归还公司财物等，并告知逾期不返岗的后果。
2. 再次通知解除劳动合同：若员工在规定时间内未返岗，企业可再次以书面形式发送《解除劳动合同通知书》，明确告知员工因其自动离职行为严重违反公司规章制度，公司决定解除与其的劳动合同关系，并详细说明解除劳动合同的法律依据。

三、安排工作交接与防范信息泄露

1. 及时交接工作：企业应立即安排其他人员接替离职员工的工作，确保业务连续性。交接内容应详尽无遗，包括文件资料、未完成的工作任务、办公设备及用品等，并形成书面的交接清单，由交接双方签字确认。
2. 防止信息泄露：对于涉及商业秘密等重要信息的岗位，企业应采取必要措施防止信息泄露，如签订保密协议、限制访问权限、及时更改相关密码等。

四、结算工资及相关费用

1. 准确核算工资：根据员工的实际出勤情况和公司的薪酬制度，准确核算员工应得的工资、奖金等收入。
2. 处理赔偿事宜：若员工自动离职给公司造成损失，且能提供充足证据证明损失与员工行为的关联性，企业可依法从工资中扣除相应赔偿金额，或要求员工另行赔偿。

五、正式办理离职手续

1. 出具离职证明：企业应及时为员工出具离职证明，包含姓名、身份证号码、离职前岗位、离职原因及日期等信息，并加盖公章，以便员工后续求职使用。
2. 停缴社保与公积金：及时办理员工的社会保险和公积金减员手续，避免产生不必要的费用支出。
3. 更新员工档案：在员工信息档案中注明离职原因和日期，确保档案的准确性和完整性，为后续管理提供参考。

六、加强法律风险防范与后续处理

1. 检查协议遵守情况：企业应检查员工离职是否违反竞业限制协议或保密协议等相关约定，若有违反，可通过法律途径追究责任。
2. 保留证据材料：妥善保存与员工自动离职相关的所有证据材料，包括劳动合同、考勤记录、沟通记录、工资支付凭证等，以备可能出现的劳动仲裁或诉讼之需。
3. 优化管理制度：针对员工自动离职的情况，企业应反思并优化自身的管理制度，如改善工作环境、提升薪酬福利水平、加强员工沟通与关怀等，以降低员工自动离职率，维护企业稳定运营。

综上所述，处理员工违反公司规定自动离职的情况需要企业严格遵循相关法律法规和规章制度，确保处理过程的合法性和合规性。同时，通过加强内部管理和优化员工福利待遇等措施，可以有效降低员工自动离职的风险，维护企业的长期稳定发展。