结论：店长是否有责任，取决于具体情况，包括店长是否知情、是否尽到管理职责以及员工行为与店长职责的关联性等因素。以下从不同角度进行分析：
一、店长是否知情或应当知情
若店长知情：
- 如果店长知道员工在做手脚（如偷窃、贪污、违规操作等）而未采取任何措施，那么店长可能因未履行管理职责而承担一定的责任。这种责任可能是内部的纪律处分，也可能在特定情况下涉及法律责任，尤其是当员工的行为给店铺或第三方造成损失时。
若店长不知情：
- 如果店长确实不知道员工在做手脚，且没有理由应当知道（即店长已尽到合理的注意和管理义务），那么店长通常不承担直接责任。然而，如果店长在管理上存在疏忽，如未建立有效的监督机制，导致员工有机会长期做手脚而不被发现，店长可能因管理不善而承担一定的间接责任。
二、店长是否尽到管理职责
已尽到管理职责：
- 如果店长已经采取了合理的措施来预防和发现员工的不当行为，如定期审计、监控、员工培训等，且这些措施在正常情况下是有效的，那么店长通常不承担责任。
未尽到管理职责：
- 如果店长未采取必要的措施来预防和发现员工的不当行为，或者采取的措施明显不足，导致员工有机会做手脚，那么店长可能因未尽到管理职责而承担责任。这种责任可能包括赔偿损失、接受纪律处分等。
三、员工行为与店长职责的关联性
员工行为属于店长管理范围：
- 如果员工的行为直接涉及店长的管理职责，如财务违规、操作不当等，且店长未采取适当措施，那么店长更有可能承担责任。
员工行为超出店长管理范围：
- 如果员工的行为完全超出店长的管理范围，或者店长无法合理预见和控制（如员工个人犯罪行为），那么店长通常不承担责任。然而，这并不意味着店长完全无责，如果店长在管理上存在明显疏忽，仍可能承担一定的间接责任。
四、法律建议
- 对于店长：应建立健全的管理制度，包括监督机制、审计制度、员工培训等，以预防和发现员工的不当行为。同时，店长应保持对店铺运营的关注，及时发现问题并采取措施。
- 对于店铺：如果发现员工做手脚，应立即进行调查，并根据调查结果采取相应的措施，包括纪律处分、法律追责等。同时，店铺应评估店长在事件中的责任，并根据评估结果进行相应的处理。
后续行动建议：如果您是店长或店铺经营者，遇到此类情况，建议首先进行内部调查，了解员工行为的具体情况和店长的管理责任。如有必要，可以咨询专业律师，以评估法律责任和制定应对策略。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。