结论：员工因银行卡被司法冻结，公司选择发放现金确实存在一定风险，但这些风险可以通过合理措施进行规避或降低。以下从不同角度详细分析：
一、法律合规性角度
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当以货币形式按月支付劳动者工资，且工资支付记录应当至少保存二年备查。虽然法律并未明确规定支付方式必须为银行转账，但现金支付在记录保存和追溯性上存在天然劣势。
- 风险点：若公司长期以现金形式支付工资，且未建立完善的现金支付记录制度，一旦发生劳动争议，公司可能面临举证困难，无法证明已按时足额支付工资。
税务合规性：
- 现金支付工资可能增加税务风险。税务机关在核查企业所得税和个人所得税时，通常要求企业提供完整的工资支付记录作为税前扣除的依据。
- 风险点：若公司无法提供充分的现金支付记录，税务机关可能对企业所得税前扣除的工资薪金总额提出质疑，要求企业补缴税款及滞纳金。
二、内部管理角度
资金安全：
- 现金支付涉及大量现金流动，增加了公司资金被盗、被抢或内部人员贪污的风险。
- 风险点：若公司现金管理制度不健全，可能导致资金损失，影响公司正常运营。
员工管理：
- 现金支付可能引发员工之间的不公平感，尤其是当部分员工因银行卡问题而获得现金支付时，其他员工可能认为公司存在偏袒。
- 风险点：这种不公平感可能影响员工士气和工作积极性，甚至引发劳动争议。
三、风险规避建议
完善现金支付记录制度：
- 公司应建立完善的现金支付记录制度，包括支付日期、支付金额、支付对象、支付原因等详细信息，并要求员工签字确认。
- 作用：确保公司能够提供充分的证据证明已按时足额支付工资，降低劳动争议风险。
加强资金安全管理：
- 公司应制定严格的现金管理制度，包括现金的保管、使用、审批等流程，确保资金安全。
- 作用：降低资金被盗、被抢或内部人员贪污的风险，保障公司正常运营。
与员工沟通协商：
- 公司应与员工进行充分沟通，了解员工银行卡被冻结的具体原因，并尝试协助员工解决问题。
- 作用：增强员工对公司的信任感和归属感，减少因支付方式变更而引发的不公平感。
考虑其他支付方式：
- 若员工银行卡长期无法解冻，公司可考虑与员工协商采用其他支付方式，如第三方支付平台、支票等。
- 作用：提供多样化的支付方式选择，满足员工的不同需求，降低现金支付带来的风险。
总结与进一步思考：员工因银行卡被司法冻结而要求公司发放现金时，公司应综合考虑法律合规性、内部管理以及风险规避等因素。通过完善现金支付记录制度、加强资金安全管理、与员工沟通协商以及考虑其他支付方式等措施，公司可以在保障员工权益的同时降低自身风险。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。