银行卡被司法冻结，公司在发工资时可能会发现，但这并不是必然情况。具体分析如下：
公司可能不知道的情况：
- 银行卡被冻结属于个人隐私范畴，受到法律保护。银行和司法机关有义务为持卡人保密，不会随意将账户情况透露给第三方，包括工作单位。因此，在正常情况下，公司不会知晓员工的银行卡被冻结。
- 如果员工在工作中使用的是另一张未被冻结的银行卡进行工资接收，公司日常的资金往来不会受到被冻结银行卡的影响，因此也不太容易发现该卡被冻结。
- 只要银行卡被冻结的情况未对员工的工作产生任何实质性影响，且员工不主动向公司提及，公司通常不会无故去了解员工个人银行卡的状态。
公司可能知道的情况：
- 如果员工的工资发放都是通过被冻结的银行卡进行，公司在进行资金操作时可能会发现异常。例如，公司财务在发放工资时收到银行反馈的转账失败或资金无法到账的信息，经过进一步查询，可能会知晓银行卡被冻结的情况。
- 在某些特殊情况下，如公司进行合规审查、内部调查时，可能会要求员工提供银行账户信息并进行查询。若此时发现银行卡处于司法冻结状态，公司便会知晓这一情况。但需要注意的是，公司必须有合理的理由并遵循合法程序才能获取员工的银行账户信息。
- 如果司法冻结与员工在公司的工作有一定关联，例如员工涉嫌利用公司资源进行违法活动，司法机关在调查过程中可能会通知公司配合调查，并告知银行卡被冻结的情况。
综上所述，银行卡被司法冻结后公司是否会知道，取决于多种因素。如果你对此有任何疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律意见和帮助。