结论前置：二楼商铺改公寓出租是否合法，主要取决于改造行为是否符合相关法律法规、城市规划要求、房屋结构安全标准以及是否获得相关利益方的同意。只有在满足所有条件的情况下，这种改造才是合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律法规与城市规划要求
规划变更：
- 商铺和公寓的规划用途不同，若要将商铺改为公寓，必须向规划部门提出变更申请，并经过审核批准。只有当变更符合城市规划要求，如区域整体功能布局允许、周边配套设施能够满足变更后的需求等，并依法办理了规划变更手续，改造才是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》，任何对房屋使用性质的变更均需向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出申请并获得批准。未经批准擅自变更用途属违法行为。
土地使用规定：
- 改造后的公寓用途必须与当地的土地使用规划相符。如果土地使用性质不允许用于居住，那么这种改造是不合法的。因此，在进行改造前，需要核实土地使用证上的用途限制。
二、房屋结构安全
结构改造审批：
- 将商铺改成公寓可能需要对房屋结构进行改造，如拆除或移动部分墙体。这类改造必须经过原设计单位或者具有相应资质等级的设计单位提出设计方案，并进行结构安全评估。未经批准擅自变动建筑主体和承重结构是违法的，会影响建筑物的整体安全性能。
- 法律依据：违反《建设工程质量管理条例》等法律法规的改造行为将面临法律责任。
消防安全要求：
- 不同用途的建筑有不同的消防设计和设施配置要求。改造时需按照公寓的消防要求进行改造和配置消防设施，确保符合《中华人民共和国消防法》的规定，避免降低消防安全标准。
三、环保与其他相关规定
环保要求：
- 商铺改公寓需满足居住环境的环保标准，如噪音限制、污水处理等。若改造后产生的污染物超过居住环境排放标准，将违反《中华人民共和国环境保护法》等相关法律法规。
物业管理规定：
- 改造还需考虑小区物业管理规定和业主公约的约束。通常需经过物业管理公司同意，并遵守物业管理的相关规定。违反规定者可能面临恢复原状、承担违约责任等后果。
四、租赁与居住规定
- 改造后的公寓需满足当地的租赁和居住规定，包括居住面积、采光、通风等基本要求，以确保居住者的舒适度和安全性。如果改造后的公寓不符合这些规定，可能会面临被相关部门处罚或无法出租的风险。
五、实际操作建议
咨询相关部门：
- 在进行改造前，建议咨询当地的规划部门、建设部门、消防部门以及环保部门，了解具体的法律要求和程序，确保改造行为的合法性和合规性。
与物业管理公司沟通：
- 与物业管理公司进行沟通，取得其同意，并按照物业管理的要求办理相关手续。这有助于避免潜在的纠纷和不必要的麻烦。
征求其他业主意见：
- 商铺改成公寓可能会对其他业主的权益产生影响，如增加居住密度、导致停车位紧张、电梯使用频繁等问题。因此，在进行改造前，应充分征求有利害关系业主的意见，并获得他们的同意或采取相应的补偿措施。
总结与建议：二楼商铺改公寓出租的合法性取决于多个因素的综合考量。在进行改造前，务必确保改造行为符合城市规划、房屋结构安全标准、消防安全要求、环保标准以及物业管理规定，并获得相关利益方的同意。只有这样，才能确保改造行为的合法性和合规性，避免不必要的法律风险和经济损失。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。