租二楼商铺做民宿是否合法，需结合具体情况判断，主要涉及房屋用途规划、租赁合同效力及经营许可三个核心问题。以下从不同角度详细分析：

一、房屋用途规划是否允许

1. 规划用途限制
   根据《民法典》第二百七十九条及《商品房屋租赁管理办法》第六条，商铺的规划用途通常为“商业服务”，若当地规划明确允许商业用房用于民宿经营（如部分城市将民宿纳入“住宿业”范畴），则合法；但若规划用途为“办公”“仓储”等非住宿类，或当地明确禁止商业用房改作民宿，则可能面临行政处罚（如责令整改、罚款）。
   示例：某市规定“商业用房需经利害关系人同意并办理用途变更手续后方可作民宿”，若未履行手续，即使租赁合同有效，也可能因违规经营被处罚。

2. 产权性质影响
   若商铺产权为“商业性质”（如40年产权），通常可合法经营；但若产权为“住宅性质”（如70年产权），即使位于二楼，也可能因“住改商”限制（需经全体业主同意）而违法。

二、租赁合同效力是否合法

1. 合同内容合法性
   租赁合同需明确约定房屋用途为“民宿经营”，且不得违反法律强制性规定（如不得约定“逃避监管”条款）。若合同未明确用途或约定违法用途（如“非法群租”），可能导致合同部分无效或被解除。
   法律依据：《民法典》第一百五十三条（违反法律强制性规定的合同无效）、第七百零三条（租赁合同定义）。

2. 房东义务与责任
   房东有义务提供符合规划用途的房屋，并协助办理经营许可。若房东明知房屋用途受限仍出租，可能需承担连带责任（如行政处罚、赔偿租客损失）。

三、经营许可是否完备

1. 民宿经营许可要求
   根据《旅馆业治安管理办法》及地方性法规，经营民宿需办理：

   • 工商登记（营业执照）；
     
   • 特种行业许可证（需满足消防、治安等条件）；
     
   • 卫生许可证（食品经营、公共卫生）；
     
   • 消防验收合格证明（部分城市要求民宿通过消防验收）。
     若未取得许可擅自经营，可能面临罚款、停业整顿甚至刑事责任（如构成“非法经营罪”）。

2. 利害关系人同意
   部分城市要求民宿经营需经周边业主同意（如噪音、安全影响），否则可能被投诉并责令停业。

法律建议

1. 行动前核查：

   • 向当地规划部门确认房屋用途是否允许民宿经营；
     
   • 向市场监管部门咨询经营许可办理流程；
     
   • 检查房屋产权证及租赁合同条款。

2. 合同风险防范：

   • 在租赁合同中明确约定“房东协助办理许可”及“违约责任”；
     
   • 约定“若因规划用途问题导致无法经营，租客有权解除合同并索赔”。

3. 合规经营：

   • 确保消防、卫生等设施符合标准；
     
   • 定期向相关部门报备经营情况。

若您已确定租赁商铺并计划经营民宿，建议携带房屋产权证、租赁合同等材料，向我进一步咨询具体合规方案，避免因程序瑕疵导致法律风险。