行政机关在违法行使职权并造成损害的情况下，不能自行决定是否赔偿，但需依法承担行政赔偿责任，具体流程和要点如下：
一、行政机关需承担行政赔偿责任的情形
行政机关及其工作人员在行使职权过程中，若存在以下违法行为并造成公民、法人或其他组织合法权益损害的，需依法承担行政赔偿责任：
侵犯人身权的情形：
- 违法拘留或采取限制公民人身自由的行政强制措施；
- 非法拘禁或以其他方式非法剥夺公民人身自由；
- 以殴打、虐待等行为，或唆使、放纵他人实施此类行为，导致公民身体伤害或死亡；
- 违法使用武器、警械造成公民身体伤害或死亡；
- 其他违法行为导致公民身体伤害或死亡。
侵犯财产权的情形：
- 违法实施罚款、吊销许可证和执照、责令停产停业、没收财物等行政处罚；
- 违法对财产采取查封、扣押、冻结等行政强制措施；
- 违法征收、征用财产；
- 其他违法行为导致财产损害。
举例说明：若行政机关违法查封了某企业的生产设备，导致企业无法正常运营并遭受经济损失，该企业有权要求行政机关承担行政赔偿责任。
二、行政赔偿的申请流程
赔偿请求人要求行政赔偿的，应当遵循以下流程：
向赔偿义务机关提出：
- 首先应向实施了侵权行为的行政机关（即赔偿义务机关）提出赔偿请求。
- 赔偿请求可以书面形式提出，并附上相关证据材料，如行政决定书、损害结果证明等。
行政复议或诉讼中一并提出：
- 若赔偿请求人对赔偿义务机关的处理结果不满意，或赔偿义务机关逾期未作决定，赔偿请求人可以在申请行政复议或提起行政诉讼的同时，一并提出行政赔偿的请求。
赔偿决定期限：
- 赔偿义务机关应当自收到赔偿申请之日起两个月内，作出是否赔偿的决定。
- 若逾期未作决定，赔偿请求人可以依法提起行政诉讼或申请行政复议，以维护自身权益。
三、行政机关不能自行决定赔偿的特别说明
虽然行政机关是赔偿义务机关，但它不能自行决定是否赔偿以及赔偿的数额。赔偿决定需基于法律法规的规定，并经过严格的审查程序。若赔偿请求人对赔偿决定有异议，可以通过法律途径进行救济，如申请行政复议或提起行政诉讼。
四、法律建议
及时收集证据：
- 若认为行政机关的行为违法并造成了损害，应及时收集相关证据，如行政决定书、现场照片、医疗记录、财产损失清单等。
依法提出赔偿请求：
- 按照规定的流程向赔偿义务机关提出赔偿请求，并附上相关证据材料。
寻求法律救济：
- 若对赔偿决定有异议，或赔偿义务机关逾期未作决定，应及时寻求法律救济，如申请行政复议或提起行政诉讼。
总结来说，行政机关在违法行使职权并造成损害的情况下，需依法承担行政赔偿责任。赔偿请求人应依照规定的流程向赔偿义务机关提出赔偿请求，并在必要时通过法律途径维护自身权益。若您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。