行政行为确认程序违法后，可以依法申请赔偿。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与总体原则
根据《中华人民共和国国家赔偿法》第九条及《最高人民法院关于审理行政赔偿案件若干问题的规定》，当行政机关的具体行政行为被确认为违法，且该行为对公民、法人或其他组织的合法权益造成损害时，受害方有权要求赔偿。赔偿请求可以在申请行政复议或提起行政诉讼时一并提出，也可以在行政行为被确认违法后，单独提起行政赔偿诉讼，但需满足一定条件。
二、赔偿请求的提出时机与方式
在行政复议中一并提出：
- 受害方在申请行政复议，请求确认行政行为违法的同时，可以依据相关法律规定一并提出行政赔偿请求。
在行政诉讼中一并提出：
- 受害方对行政机关的行政行为不服提起行政诉讼时，可以在诉讼过程中一并提出行政赔偿的诉讼请求。
- 原告需要在第一审开庭审理前明确提出行政赔偿的请求，以确保法院能够在同一个诉讼程序中一并审理和裁判这两个问题。
单独提起行政赔偿诉讼：
- 如果未在行政复议或行政诉讼中一并提出赔偿请求，也可以在行政行为被确认违法后，单独提起行政赔偿诉讼。
- 但需注意，根据《最高人民法院关于审理行政赔偿案件若干问题的规定》第十三条第二款的规定，单独提起行政赔偿诉讼需满足赔偿义务机关已先行处理或者超过法定期限不予处理的条件。
三、赔偿请求的独立性与举证责任
- 赔偿请求可以与确认行政行为违法的请求一并提出，但赔偿请求本身具有相对的独立性。
- 即使行政行为被确认为违法，原告仍需承担举证责任，证明其因该违法行为所遭受的实际损失以及损失的大小。这要求原告在提出赔偿请求时，必须提供充分的证据来支持其主张。
四、赔偿范围与限制
- 赔偿范围的法定性：国家赔偿的范围由法律明确规定，并非所有因行政行为违法造成的损害都能获得赔偿。例如，与行使职权无关的个人行为造成的损害，国家不承担赔偿责任。
- 因果关系的关联性：需要证明损害结果与违法行政行为之间存在直接的因果关系。如果损害是由多种因素共同造成的，且违法行政行为并非主要原因，赔偿的认定和计算可能会受到影响。
五、实际操作建议
- 及时提出赔偿请求：无论是在行政复议、行政诉讼中一并提出，还是单独提起行政赔偿诉讼，都应及时提出赔偿请求，以免超过法定的时效限制。
- 充分准备证据：在提出赔偿请求时，应充分准备证据，证明行政行为造成的损害以及损害的程度。这有助于法院准确理解并作出相应的判决。
- 咨询专业律师：虽然我作为畅治辉律师已经为您提供了详细的法律分析，但在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，如果您在申请赔偿过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。
案例参考：在最高法院判例“徐某祥诉西昌市政府行政赔偿案”中，法院明确指出，相关行政行为被行政机关确认为违法后，当事人提起行政赔偿诉讼的，须经赔偿义务机关“先行处理或者超过法定期限不予处理”。这一判例进一步印证了单独提起行政赔偿诉讼需满足一定条件的法律原则。