学校因教师违规扣除基本工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若学校规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 合法性前提：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位（包括学校）有权依法制定规章制度，并与劳动者（教师）在劳动合同中约定相关条款。若学校的规章制度或劳动合同中明确规定了教师违规时的工资扣除条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么学校在教师违规时扣除基本工资的行为可能是合法的。
   • 具体操作：学校需确保规章制度的制定程序合法，如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。同时，扣除工资的比例和金额也需符合法律规定，不能随意扩大扣除范围或提高扣除比例。

2. 若学校规章制度或劳动合同中无明确规定：

   • 违法性分析：若学校的规章制度或劳动合同中未明确规定教师违规时的工资扣除条款，那么学校擅自扣除教师基本工资的行为可能构成违法。因为工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位无权随意扣除。
   • 法律后果：在此情况下，教师有权向学校提出异议，要求学校补发被扣除的工资。若学校拒绝补发，教师可以向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，甚至提起诉讼来维护自己的合法权益。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 违规行为的性质：即使学校规章制度或劳动合同中有工资扣除条款，也需考虑教师违规行为的性质和严重程度。对于轻微违规行为，学校应优先采取警告、教育等措施，而非直接扣除工资。
   • 扣除工资的合理性：扣除工资的比例和金额需合理，不能超出教师违规行为所造成的损失范围。若扣除金额过高，可能构成对教师合法权益的侵害。

法律建议：

• 对于学校：应确保规章制度的合法性和合理性，明确工资扣除的条件和程序，并在与教师签订劳动合同时进行充分告知和协商。同时，应加强对教师的培训和教育，提高教师的法律意识和职业素养，减少违规行为的发生。
• 对于教师：应仔细阅读学校的规章制度和劳动合同条款，了解自己的权利和义务。若遇到学校擅自扣除工资的情况，应及时向学校提出异议，并保留好相关证据。若学校拒绝补发工资，可寻求法律援助或向相关部门投诉来维护自己的合法权益。

可能涉及的法律条款：

• 《中华人民共和国劳动合同法》第四条、第三十条、第三十八条等，涉及用人单位规章制度的制定、工资支付以及劳动者权益保护等方面的规定。

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