民办学校扣老师工资是否合法，这并非一个简单的是非问题，而是需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：
合同约定角度：
- 如果民办学校与老师签订的劳动合同中明确规定了扣工资的情形，且这些情形不违反法律法规的强制性规定，那么学校在符合合同约定的情况下扣工资，可能是合法的。例如，合同中约定老师迟到或早退将扣除相应工资，且这种扣除方式合理且不违反劳动法规定。
- 但需要注意的是，即使合同中有相关约定，如果扣除工资的比例过高或方式不合理，也可能被视为违法。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
法律法规角度：
- 民办学校作为用人单位，必须遵守国家关于劳动报酬的法律法规。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 如果民办学校无正当理由扣老师工资，如未按时支付、无故克扣等，那么这种行为就是违法的。老师有权要求学校支付被扣的工资，并可能根据法律规定要求学校支付赔偿金。
特殊情形角度：
- 在某些特殊情形下，如老师因严重违反学校规章制度或造成重大损失等，学校可能根据内部规定或相关法律法规对老师进行处罚，包括扣除部分工资。但这种扣除必须合法、合理且符合程序要求，不能随意进行。
- 例如，如果老师因故意或重大过失给学校造成了经济损失，学校可以要求老师赔偿，并从其工资中扣除相应金额。但同样需要遵守上述关于扣除比例和最低工资标准的规定。
给你的建议：
- 如果你作为老师遇到民办学校扣工资的情况，首先应当查看自己的劳动合同，了解合同中是否有相关约定以及约定的具体内容。
- 如果合同中没有约定或约定不明确，或者你认为学校的扣除行为违反了法律法规或合同约定，你可以与学校进行沟通协商，要求学校说明扣除工资的原因和依据。
- 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
最后需要强调的是，劳动法律法规旨在保护劳动者的合法权益，同时也要求劳动者遵守用人单位的规章制度和合同约定。在处理扣工资等问题时，双方应当秉持诚信、公平和合法的原则进行协商和处理。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。