结论：教育公司因上课未报备而扣除员工近1000元工资的行为是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及扣除工资的具体理由和程序等。以下从多个角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的角度
公司规章制度：
- 如果公司规章制度中明确规定了上课需报备，且未报备将视为旷工或违反公司规定，同时规定了相应的处罚措施（如扣除工资），那么公司扣除工资的行为在制度层面可能是有依据的。
- 但需注意，公司规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示，否则可能因程序违法或内容不合理而被认定为无效。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的重要文件。如果劳动合同中明确约定了上课需报备及未报备的处罚措施，那么公司扣除工资的行为在合同层面可能是有依据的。
- 如果劳动合同中没有相关约定，公司则不能仅凭规章制度单方面扣除员工工资。
二、扣除工资的具体理由和程序
扣除工资的理由：
- 公司扣除工资必须有合法、合理的理由。如果上课未报备确实导致了公司损失或影响了教学秩序，公司可以据此扣除相应工资。
- 但如果公司无法证明上课未报备与损失或教学秩序受影响之间的直接关联，或者扣除的工资数额明显不合理（如扣除近1000元但实际损失远低于此数额），那么公司的行为可能构成违法扣除工资。
扣除工资的程序：
- 公司在扣除工资前，应当告知员工扣除的原因、数额和依据，并听取员工的陈述和申辩。
- 如果公司未履行上述程序，直接扣除工资，可能构成违法扣除工资。
三、法律后果与维权建议
法律后果：
- 如果公司扣除工资的行为违法，员工有权要求公司补发被扣除的工资，并可能要求公司支付赔偿金。
- 如果公司扣除工资的行为合法但程序不当，员工也有权要求公司重新处理并补发工资。
维权建议：
- 与公司协商：首先尝试与公司协商解决，要求公司说明扣除工资的具体理由和依据，并争取补发工资。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉无果或对处理结果不满意，可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司补发工资并支付赔偿金。
四、具体计算（如涉及赔偿金）
如果公司违法扣除工资，员工要求公司支付赔偿金的计算公式为：
\(赔偿金 = 被扣除工资数额 \times 赔偿比例\)
其中，赔偿比例通常根据具体情况和当地法律法规确定，可能为被扣除工资数额的一定比例（如50%、100%等）。但在此案例中，由于未明确公司是否违法及具体赔偿比例，因此无法给出具体数值。如需进一步计算，请提供更多信息。
最后建议：如果您认为公司扣除工资的行为违法或不合理，建议您及时收集相关证据（如工资条、公司规章制度、劳动合同等），并咨询专业律师（即我，路焕喜律师，专注于经济纠纷、劳动纠纷领域）以获取更具体的法律建议和帮助。