结论：合同中“旷工一天扣三天工资”的条款本身存在合法性争议，若员工实际旷工不足一天，具体扣除金额需结合合同约定、公司制度及实际工时综合判断，但无论如何扣除均不得低于当地最低工资标准。以下分情况说明：

1. 条款合法性分析：旷工扣薪的边界

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
关键点：

• “旷工一天扣三天工资”本质是惩罚性扣薪，而非赔偿实际损失（如招聘成本、岗位空缺损失等），可能被认定为克扣工资，违反上述规定。
  
• 若公司能证明旷工一天导致其实际损失等于或超过三天工资（如特殊岗位因旷工导致客户流失、生产中断等），需通过另行主张赔偿（如仲裁或诉讼）实现，而非直接扣薪。

2. “不够一天”的具体计算方式

若员工实际旷工时间不足一天（如旷工2小时），需分情况处理：

（1）合同或制度有明确约定

若合同或公司规章制度明确规定“旷工不足一天按一天计算”或“按实际旷工时数折算扣薪”（如旷工1小时扣0.5天工资），则按约定执行，但需满足：

• 约定不违反法律强制性规定（如扣除后工资不低于最低标准）；
  
• 制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示告知员工。
  

（2）合同或制度无明确约定

若未约定具体计算方式，公司可能按实际旷工时数折算（如旷工2小时扣2/8天工资），或直接按一天工资扣除。后者可能因缺乏合理性被认定为违法，员工可主张补发差额。

3. 员工维权建议

• 核对合同与制度：检查是否有关于旷工扣薪的具体条款及计算方式；
  
• 计算实际扣除金额：对比扣除后工资是否低于当地最低工资标准；
  
• 协商或投诉：与公司协商要求补发差额，或向当地劳动监察部门投诉；
  
• 仲裁/诉讼：若争议无法解决，可申请劳动仲裁，主张公司违法扣薪并要求赔偿。

提示：劳动合同中涉及工资扣除的条款需严格遵守法律规定，公司不得随意扩大扣薪范围或提高扣薪比例。若对具体条款或计算方式有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的合同内容及当地政策进一步分析。