员工缺勤是否要扣绩效工资，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律框架与合同约定
劳动合同：
- 如果劳动合同中明确规定了缺勤与绩效工资的关联及扣减办法，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么按照合同约定执行扣减通常是合法的。例如，合同中可能约定“月度缺勤超过一定天数，将影响当月绩效奖金的发放”。
公司规章制度：
- 公司依法制定并公示的规章制度中，如果包含了缺勤扣减绩效工资的具体规定，并且这些规定经过了民主程序讨论和告知义务，那么这些规定具有法律效力。例如，公司《员工手册》中可能规定“旷工或未经批准的事假将影响绩效奖金的评定”。
二、缺勤性质与绩效工资扣减
合理缺勤：
- 如病假、法定年假等合理缺勤，通常不应扣减绩效工资。因为这些缺勤是员工因特殊原因无法工作，其绩效应基于实际工作成果评估，而非出勤天数。例如，员工因病住院无法工作，其绩效应基于其住院前的工作表现和成果来评估。
不合理缺勤：
- 如无故旷工、未经批准的事假等不合理缺勤，可视为违反纪律，企业有权扣减绩效甚至解除合同。但需确保制度合法且员工已知晓。例如，员工未经批准擅自离岗，导致工作无法正常进行，企业可以根据规章制度扣减其绩效奖金。
三、绩效考核标准与绩效工资扣减
- 如果绩效指标中包含出勤相关的内容，并且这种挂钩是合理的（如销售人员的拜访量与销售业绩直接相关），那么因缺勤扣绩效工资具有合理性。因为缺勤直接影响了员工的工作表现和业绩，从而影响了绩效奖金的评定。
- 如果绩效指标仅关注结果（如销售额、项目完成情况等），缺勤本身不直接影响绩效得分，那么扣减绩效工资可能缺乏合理性。因为绩效工资应基于员工的工作成果来评定，而非出勤天数。
四、实际操作建议
完善制度设计：
- 在规章制度中明确缺勤与绩效的关联规则，并通过民主程序公示。例如规定“事假累计超过一定天数，季度绩效奖金递减一定比例”。
分类处理缺勤：
- 对合理缺勤保留绩效，对违纪缺勤依规处理。例如员工因突发疾病请假，需提供医院证明后正常核算绩效；无故旷工则按制度扣减奖金。
强化沟通机制：
- 员工缺勤时及时沟通原因，避免简单扣款引发纠纷。例如主管与员工面谈了解家庭困难，协商调整工作安排或提供必要的帮助。
确保合法合规：
- 在制定和执行缺勤扣绩效工资的规定时，应确保遵循法律法规的要求，包括民主程序讨论、告知义务以及不得低于当地最低工资标准等。
总结来说，员工缺勤是否要扣绩效工资需根据劳动合同、公司规章制度、缺勤性质以及绩效考核标准等多方面因素综合判断。企业在制定和执行相关规定时，应确保合法合规、公平合理，并充分保障员工的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。