结论：单位在员工不在停工留薪期时不给在职伤残补助金是否合法，需分情况判断，关键在于员工是否符合领取伤残补助金的法定条件，而非单纯以是否处于停工留薪期为标准。具体分析如下：

1. 伤残补助金的领取条件与停工留薪期的关系
   根据《工伤保险条例》第三十五条至第三十七条，伤残补助金的领取条件是员工经劳动能力鉴定委员会鉴定为一级至十级伤残，且与用人单位存在劳动关系。停工留薪期是员工因工伤需要暂停工作接受治疗的期间，其核心功能是保障员工治疗期间的工资待遇（原工资福利待遇不变），而非伤残补助金的领取前提。
   例如：员工工伤后鉴定为十级伤残，但治疗期较短未进入停工留薪期，或停工留薪期已结束但伤残等级未变化，此时单位仍需支付一次性伤残补助金（十级伤残为7个月本人工资）。

2. 单位拒付的合法性分析

   • 合法情形：若员工未进行劳动能力鉴定，或鉴定后不符合伤残等级（如未达到十级），则单位无需支付伤残补助金，此时拒付合法。
     
   • 违法情形：若员工已通过劳动能力鉴定确认伤残等级（如九级伤残），即使不在停工留薪期，单位仍需支付一次性伤残补助金（九级伤残为9个月本人工资）。单位拒付的，员工可依据《工伤保险条例》第六十二条要求用人单位承担赔偿责任，或通过劳动仲裁主张权益。

3. 实务建议

   • 员工角度：首先确认是否已完成劳动能力鉴定并取得伤残等级结论；若符合条件但单位拒付，可向当地社会保险行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位支付伤残补助金及可能的滞纳金。
     
   • 单位角度：需严格区分停工留薪期工资与伤残补助金的支付条件，避免以“不在停工留薪期”为由错误拒付伤残补助金，否则可能面临行政处罚或劳动争议败诉风险。

总结：伤残补助金的支付以伤残等级鉴定结论为核心依据，与是否处于停工留薪期无直接关联。若您或您所在单位涉及此类争议，可进一步提供具体伤残等级、鉴定时间等信息，我将结合地方规定为您详细分析。