结论：借款合同中约定了仲裁条款的，一般不可以直接向法院申请支付令，但在特定情形下可能存在例外。

1. 仲裁条款的排他性效力
   根据《仲裁法》第五条及《民事诉讼法》第一百二十七条，若借款合同中明确约定了仲裁条款（如“因本合同产生的争议提交XX仲裁委员会仲裁”），则该条款具有排除法院管辖的效力。此时，当事人应当通过仲裁程序解决争议，法院无权直接受理支付令申请。支付令属于督促程序，其适用前提是“无争议”的债权债务关系，而仲裁条款的存在表明双方已选择仲裁作为争议解决方式，故支付令程序与仲裁条款存在根本冲突。

2. 例外情形：仲裁条款无效或无法执行
   若仲裁条款存在法定无效情形（如未约定明确的仲裁机构、仲裁事项超出法律允许范围等），或仲裁机构因客观原因无法受理案件（如仲裁协议约定的机构不存在），则当事人可依据《仲裁法》第十八条、第二十条向法院申请确认仲裁协议效力，或直接向法院起诉。此时，若债权债务关系清晰且无争议，理论上可尝试申请支付令，但实践中法院可能更倾向于要求当事人通过诉讼程序解决，以避免程序冲突。

3. 实务建议

   • 优先启动仲裁程序：若仲裁条款有效，建议向约定的仲裁机构提交仲裁申请，通过仲裁裁决确认债权后，再申请法院强制执行。
     
   • 审查仲裁条款效力：若对仲裁条款有效性存疑，可先向法院申请确认仲裁协议效力，再决定后续程序。
     
   • 谨慎选择支付令：支付令虽程序简便，但若债务人提出有效异议（如对债权金额、还款期限等提出实质性争议），支付令将失效，案件仍需转入诉讼或仲裁程序。因此，在存在仲裁条款的情况下，直接申请支付令的风险较高。

总结：仲裁条款的存在通常排除法院对支付令申请的管辖权，但若条款无效或无法执行，可能存在例外。建议根据具体合同条款及案件情况，综合评估程序风险后选择最优解。如有进一步疑问，可直接向我咨询。