事业单位在编人员被扣绩效，可通过以下步骤进行申诉：
- 核查扣绩效的依据
- 首先，要仔细查看单位关于绩效考核及绩效工资发放的相关规章制度，确认单位扣绩效是否有明确的制度依据。比如，单位是否有规定在何种具体情形下可以扣绩效，如旷工、工作失误造成重大损失等，以及扣绩效的具体比例或金额计算方式等。
- 若单位没有相关制度，或者制度制定程序不合法（如未经职工代表大会讨论通过等），那么单位扣绩效的行为可能缺乏合法性基础，这将是申诉的重要理由。
- 与直接上级沟通
- 在发现绩效被扣后，建议先与直接上级进行友好、诚恳的沟通。了解扣绩效的具体原因，是因为工作表现、工作任务完成情况，还是其他方面的因素。
- 在沟通过程中，要保持冷静和理性，客观地陈述自己的工作情况和实际贡献，表达对扣绩效决定的疑惑和不满。如果是因为误解或信息不准确导致的扣绩效，通过沟通可能能够及时解决问题。
- 向单位人事部门申诉
- 如果与直接上级沟通无果，或者认为扣绩效的决定不合理，可以向单位的人事部门提出申诉。
- 申诉时，要提交书面申诉材料，详细说明申诉的事由、扣绩效的具体情况、自己的观点和理由等，并附上相关证据材料，如工作记录、任务完成情况证明、与上级沟通的记录等。
- 人事部门在收到申诉后，一般会进行调查核实，并在一定期限内给出答复。
- 申请劳动仲裁（若内部申诉无果）
- 如果单位内部申诉渠道无法解决问题，或者单位对申诉不作处理，可以考虑向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 申请劳动仲裁时，要提交仲裁申请书、相关证据材料等。仲裁申请书要明确写明仲裁请求（如要求单位补发被扣的绩效工资）、事实和理由等。
- 劳动争议仲裁委员会在受理仲裁申请后，会依法进行审理，并作出裁决。如果对仲裁裁决不服，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。
- 寻求工会帮助
- 事业单位一般都有工会组织，工会有义务维护职工的合法权益。
- 在被扣绩效后，可以向工会反映情况，请求工会出面与单位进行协调沟通，帮助解决问题。工会可以通过调查了解情况，组织双方进行协商，促进问题的妥善解决。