结论前置：针对公司每周超40小时工作却没有加班费，且仲裁称入职时就是这个工作制度的情况，你可以从以下几个角度进行反驳：
法律条款的明确规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时（后调整为40小时，且应保证劳动者每周至少休息1日）。若公司安排的工作时间超过这一标准，则构成加班，应支付加班费。
- 入职时的工作制度并不能成为公司违反法律规定的借口。即使你在入职时知晓并接受了这一工作制度，但该制度若违反法律强制性规定，仍然是无效的。
加班事实的举证：
- 你需要收集并保留好相关证据，如考勤记录、工作安排通知、同事证言等，以证明你确实存在加班事实。
- 仲裁或法院在审理案件时，会依据这些证据来判断公司是否应支付加班费。因此，证据的充分性和真实性至关重要。
公司规章制度的合法性审查：
- 公司的规章制度必须符合法律法规的规定，且需经过民主程序制定并公示或告知劳动者。若公司的加班制度未经民主程序制定或未公示、告知劳动者，则该制度对劳动者不产生约束力。
- 你可以要求公司出示其加班制度的制定程序、公示或告知记录等证据，以证明其合法性。若公司无法提供，则其加班制度可能被认定为无效。
反驳仲裁观点的策略：
- 针对仲裁称“入职时就是这个工作制度”的观点，你可以强调法律对于工作时间和加班费支付的强制性规定，以及公司规章制度需符合法律规定的原则。
- 你可以指出，即使入职时知晓并接受了这一工作制度，但该制度若违反法律，则不能作为公司不支付加班费的合法依据。
具体行动建议：
- 收集证据：尽快收集并整理好所有能证明你加班事实的证据，如考勤记录、工作安排、同事证言等。
- 咨询专业意见：虽然我已经为你提供了法律上的分析和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在正式提起仲裁或诉讼前，建议你再向我详细咨询，以便更准确地把握案件走向和策略。
- 提起仲裁或诉讼：在准备好充分证据后，你可以向当地劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，要求公司支付加班费及可能的经济补偿。若对仲裁结果不满，你还可以向法院提起诉讼。
可能面临的法律后果：
- 若公司确实存在违反法律规定的工作制度和加班不支付加班费的行为，且你能够提供充分证据证明这一点，那么公司很可能需要承担支付加班费、经济补偿等法律责任。
- 同时，公司还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
希望以上分析和建议能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。