结论：在没有书面合同但有线上微信约定的情况下，学生因个人原因时隔两年要求退辅导费，是否应收取违约金需根据具体情况判断，包括微信约定的具体内容、双方的实际履行情况、是否存在法定或约定的解除权等。以下从不同角度进行分析：

1. 微信约定的法律效力：

   • 微信聊天记录作为电子数据，在法律上是可以作为证据使用的，只要其能够真实反映双方的意思表示，且内容合法，就具有法律效力。因此，你们之间的微信约定，如果明确约定了辅导费的退还规则、违约金条款等，这些条款在法律上是有约束力的。

2. 违约金的收取条件：

   • 约定违约金：如果微信约定中明确规定了在学生要求退费的情况下需要支付违约金，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么学生可能需要按照约定支付违约金。
   • 法定违约金：在合同纠纷中，除了约定的违约金外，法律还规定了一些情况下可以主张法定违约金或赔偿损失。但在此案例中，由于没有书面合同，主要依据的是微信约定，因此法定违约金的适用性可能较低，除非微信约定中的内容能够被解释为符合法定违约金的情形。

3. 时隔两年的影响：

   • 诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》的规定，一般的民事纠纷诉讼时效期间为三年。学生时隔两年要求退费，仍在诉讼时效期间内，因此其权利并未因时间流逝而丧失。
   • 实际履行情况：如果在这两年期间，辅导机构已经提供了部分或全部辅导服务，且学生也接受了这些服务，那么退费时可能需要考虑已提供服务的价值，以及微信约定中关于退费的具体规则。

4. 建议的处理方式：

   • 协商解决：首先，建议双方通过协商的方式解决纠纷。可以回顾微信约定中的相关条款，结合实际情况，尝试达成一个双方都能接受的退费方案。
   • 法律途径：如果协商无果，学生或辅导机构可以考虑通过法律途径解决纠纷。此时，微信聊天记录将作为重要证据被提交给法院或仲裁机构进行审查。

可能的后果：

• 如果微信约定中明确规定了违约金条款，且该条款合法有效，学生可能需要支付违约金。
• 如果微信约定中未规定违约金条款，或规定不明确，法院或仲裁机构可能会根据实际情况，结合公平原则、诚实信用原则等，判决学生是否需要支付违约金及支付多少。

进一步思考：

• 在处理此类纠纷时，除了关注微信约定的具体内容外，还需要考虑双方的实际履行情况、是否存在过错等因素。
• 为了避免类似纠纷的发生，建议在未来的交易中尽量签订书面合同，明确双方的权利义务、退费规则、违约金条款等。

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