结论：水利工程公司转分包合同收取20%管理费是否合法不能一概而论，需结合具体情形判断，以下分情况说明：

1. 若转分包行为本身违法，则管理费约定无效
   根据《建筑法》第二十八条及《民法典》第七百九十一条，水利工程作为建设工程，禁止承包单位将工程转包或违法分包。若转分包行为被认定为违法（如未取得发包人同意、分包给无资质单位等），则转分包合同自始无效，其中关于管理费的条款也无效。此时，即使合同中约定了20%的管理费，法院可能根据《民法典》第一百五十七条，结合双方过错程度、实际履行情况等，对管理费进行收缴或调整，而非直接支持。

2. 若转分包行为合法，管理费需符合“合理对价”原则
   若转分包行为符合法定条件（如经发包人书面同意、分包给有资质单位、分包内容非主体结构等），则合同有效。此时，管理费的合法性需满足：

   • 比例合理性：20%的管理费是否与实际管理成本匹配。若公司仅提供简单协调服务（如代发工资、转交材料），却收取高额费用，可能被认定为“以管理费名义变相牟利”，法院可能根据《民法典》第六条（公平原则）调整比例；
     
   • 权利义务对等性：公司需实际履行管理职责（如质量监督、进度把控、安全保障等）。若公司未提供实质管理服务，仅“挂名”收取费用，可能被认定为“空手套白狼”，法院可能不支持该费用。

3. 司法实践中的倾向性观点
   在类似案件中，法院通常以“实际履行情况”为核心判断标准：

   • 若公司能证明管理费对应具体服务（如提供技术指导、派驻管理人员、承担风险等），且比例合理，可能支持部分或全部管理费；
     
   • 若公司无法证明管理服务的实际发生，或管理费明显高于行业惯例（如水利工程行业平均管理费为5%-15%），法院可能酌情降低比例，甚至不予支持。

建议：

• 若您是转包方/分包方，需审查转分包行为的合法性，并保留公司实际履行管理职责的证据（如会议纪要、管理台账、费用支出凭证等）；
  
• 若您是实际施工人，可主张管理费过高或公司未履行义务，要求调整或驳回该条款；
  
• 具体案件需结合合同文本、履行情况、行业惯例等综合判断，建议提供详细信息进一步分析。
  

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