关于“转包协议管理费是否合法”的问题，不能一概而论，需要从多个角度进行分析。
法律法规的明确禁止：
- 根据《建筑法》第二十八条，禁止承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人，也禁止承包单位将工程肢解后以分包的名义转包。这表明，转包行为本身在法律上是受到严格限制的。
- 最高人民法院的相关司法解释也明确指出，承包人因转包、违法分包建设工程与他人签订的建设工程施工合同是无效的。
管理费收取的争议：
- 在转包情况下，出借资质的单位往往会收取一定的管理费用。对于这项费用的合法性，法律界存在争议。
- 一种观点认为，由于转包合同无效，根据《民法典》的相关规定，行为人因该行为取得的财产应当予以返还，因此管理费不应收取。
- 另一种观点则认为，虽然转包合同无效，但借用人使用了出借人的资质、账户等，管理费用是借用行为的对价，如果退还则意味着借用人可以无偿占有他人收益，这不符合公平原则。
实际案例的判例分析：
- 在实际案例中，法院对于管理费收取的合法性也有不同的判决。有些案例判决管理费应予退还，有些则支持收取管理费，但通常会考虑出借人是否对项目进行了管理、发生了相关支出等因素。
综上所述，转包协议管理费的合法性并不是一个简单的是非问题，而是需要根据具体情况进行判断。如果转包行为本身合法，且出借人确实对项目进行了管理并发生了相关支出，那么收取一定的管理费可能是合理的。但如果转包行为违法，或者出借人并未实际参与项目管理，那么管理费的收取就可能面临法律风险。因此，在实际操作中，建议谨慎对待转包协议管理费的收取问题，并咨询专业律师以获取更具体的法律意见。