结论：有医院建休单但公司不批休息，是否算旷工不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从医疗期和病假制度的角度

• 医疗期规定：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，用人单位不得解除劳动合同，且应当按照规定支付病假工资或疾病救济费。
• 病假申请流程：员工因病需要休息，通常需向公司提交医院出具的建休单（即病假证明），并按照公司规定的流程申请病假。如果公司无正当理由拒绝批准病假，而员工确实因病无法工作，此时员工的行为一般不应被认定为旷工。

2. 从公司规章制度的角度

• 规章制度合法性：公司有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须合法、合理，且不得与法律法规相抵触。如果公司的规章制度中明确规定了病假的申请流程、审批权限等，且这些规定不违反法律法规，那么员工应当遵守。
• 规章制度执行：如果公司规章制度中规定了病假需要经过特定程序或特定人员审批，而员工未按照这些规定申请病假，即使持有医院建休单，公司也可能有权拒绝批准病假，并视情况将员工的行为认定为旷工。但这种情况下，公司应当确保其规章制度已经向员工公示或告知，且员工确实知晓这些规定。

3. 从实际案例和司法实践的角度

• 案例参考：在实际案例中，法院通常会综合考虑医院建休单的真实性、员工病情的严重性、公司规章制度的合法性及执行情况等因素，来判断员工的行为是否构成旷工。如果员工能够提供真实的医院建休单，且病情确实需要休息，而公司无正当理由拒绝批准病假，法院一般会倾向于保护员工的合法权益。
• 司法实践倾向：司法实践中，法院更倾向于认为，在医疗期内，员工因病需要休息是合理的，公司应当给予理解和支持。如果公司无正当理由拒绝批准病假，并因此将员工的行为认定为旷工，进而采取解除劳动合同等严厉措施，法院可能会认定公司的行为违法。

4. 建议与措施

• 与员工沟通：如果公司对员工的病假申请有疑问或需要进一步核实，应当与员工进行沟通，了解员工的病情和休息需求，而不是直接拒绝批准病假。
• 完善规章制度：公司应当完善病假管理制度，明确病假的申请流程、审批权限等，并确保这些规定合法、合理，且已经向员工公示或告知。
• 寻求法律帮助：如果公司因病假问题与员工发生争议，建议及时咨询专业律师，了解相关法律法规和司法实践，以便更好地维护公司的合法权益。

总结：有医院建休单但公司不批休息是否算旷工，需结合医疗期规定、公司规章制度、实际案例和司法实践等多方面因素综合判断。如果员工确实因病需要休息，且能够提供真实的医院建休单，而公司无正当理由拒绝批准病假，员工的行为一般不应被认定为旷工。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。