结论：按医生医嘱休息，公司一般不应算作旷工，但具体还需结合公司规章制度、劳动合同以及实际情况来判断。
详细分析：
从法律原则角度：
- 旷工通常指的是员工无正当理由未出勤或未按照公司规定履行请假手续而缺勤的行为。而医生医嘱休息是基于员工健康状况，由专业医疗人员给出的建议，具有合理性和必要性。
- 根据《劳动法》及相关规定，员工有权享受医疗期，并在医疗期内按照医嘱休息。在此期间，公司不应将员工的休息视为旷工。
从公司规章制度角度：
- 虽然法律原则支持员工按医嘱休息，但具体是否算旷工还需参考公司的规章制度。如果公司规章制度中明确规定了员工因病需要休息时，应按照何种程序请假，以及未按规定请假将如何处理，那么员工应遵守这些规定。
- 如果公司规章制度中未明确规定或规定与法律原则相悖（如规定无论何种情况，未出勤均算旷工），则这些规定可能因违法而无效。
从实际操作角度：
- 员工在按医嘱休息前，应尽可能提前告知公司，并按照公司规定提交相关医疗证明（如病假条、诊断证明等）。
- 如果公司对员工的休息有异议，可以要求员工提供进一步的医疗证明或进行医疗鉴定，以确认员工是否确实需要休息。
- 在实际操作中，如果员工能够证明其休息是按照医生医嘱进行的，并且已经履行了公司规定的请假手续（如有），那么公司不应将其休息视为旷工。
特殊情况处理：
- 如果员工未按照公司规定履行请假手续，或者提供的医疗证明不充分、不真实，那么公司有权根据其规章制度对员工进行处理，包括但不限于视为旷工、扣除工资、解除劳动合同等。
- 如果员工因病情严重无法提前告知公司或提交医疗证明，应在病情稳定后尽快补办相关手续，并与公司进行沟通解释。
建议：
- 员工在按医嘱休息前，应仔细阅读公司规章制度，了解请假流程和要求，并按照规定履行请假手续。
- 如果公司对员工的休息有异议或处理不当，员工可以与公司进行沟通协商，或者向劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。
- 在整个过程中，员工应保留好相关医疗证明和请假记录等证据，以备不时之需。
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