结论前置：一个月休两天假，超过休假的部分算作旷工，这一做法是否合法，需分情况讨论，一般情况下不合法，但若符合法定工时制度且经民主程序制定并公示的规章制度中有明确规定，则可能合法。以下为详细分析：
一、一般情况下不合法
法定休息日规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这意味着，在常规的一周工作制下，劳动者至少应有一天完整的休息日。若一个月仅安排两天休假，且未合理分布在每周中，可能违反了这一基本规定，尤其是在连续工作多周无休息的情况下。
加班与旷工的界定：
- 旷工通常指的是劳动者无正当理由未到岗工作。而超过休假部分，若是因为工作需要加班，则应按照加班处理，支付加班费或安排补休，而非直接视为旷工。
- 加班需遵循法定程序，如与劳动者协商一致，且不得超过法定加班时限。若用人单位未经协商单方面要求劳动者加班，并威胁将超过休假部分视为旷工，这是不合法的。
二、特定情况下可能合法
符合法定工时制度：
- 若用人单位实行的是综合计算工时工作制或不定时工作制，且已经劳动行政部门批准，那么一个月内的总工作时间可能因工作性质而有所调整。但即便如此，也需确保劳动者的平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准工作时间基本相同，且保障劳动者的休息权。
规章制度明确且合法：
- 用人单位若通过民主程序制定了规章制度，并明确规定了休假安排及超过休假部分的处理方式，且该规章制度不违反国家法律法规的强制性规定，那么在该规章制度框架内，超过休假部分算作旷工的规定可能是合法的。
- 但需注意，规章制度的制定需遵循法定程序，包括与职工代表大会或全体职工讨论、提出方案和意见、与工会或职工代表平等协商确定等步骤，并需公示或告知劳动者。
三、法律建议
审查规章制度：
- 劳动者应首先审查用人单位的规章制度，了解其中关于休假和旷工的具体规定。若规章制度存在违法或不合理之处，劳动者有权提出异议并要求修改。
协商与沟通：
- 若劳动者对休假安排或超过休假部分的处理方式有异议，应与用人单位进行协商和沟通，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律援助：
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在此过程中，劳动者可以寻求专业律师的帮助，以更好地了解自己的权利和义务，并制定有效的维权策略。
总结：一个月休两天假，超过休假的部分算作旷工，这一做法在一般情况下是不合法的。但若符合法定工时制度且经民主程序制定并公示的规章制度中有明确规定，则可能合法。劳动者在面对此类情况时，应首先审查规章制度、与用人单位协商沟通，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。