结论：国企员工通过招投标中标本单位工程是否违法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
招投标程序合法性角度
- 合法情形：如果招投标程序严格遵循《中华人民共和国招标投标法》及相关法律法规的规定，包括招标公告的发布、投标文件的递交、开标、评标、中标等各个环节均符合法定程序，且不存在任何违法违规行为，那么国企员工通过合法招投标程序中标本单位工程是合法的。
- 违法情形：若招投标过程中存在串通投标、弄虚作假、行贿受贿等违法行为，或者招投标程序存在瑕疵，如未按照法定程序进行招标、评标过程不公正等，那么即使国企员工中标，该中标行为也可能因程序违法而被认定为无效。
国企员工身份与利益冲突角度
- 合规情形：国企员工参与招投标并中标，如果其身份并未导致利益冲突，即其参与招投标的行为并未损害单位利益，也未利用职务之便为自己或他人谋取不正当利益，且符合单位内部规章制度和职业道德规范，那么该行为是合规的。
- 违规情形：如果国企员工利用职务之便，在招投标过程中为自己或特定关系人谋取私利，或者存在其他利益冲突行为，如泄露招标信息、操纵评标结果等，那么该行为可能构成违规，甚至违法。
具体案例与司法实践角度
- 在司法实践中，对于国企员工通过招投标中标本单位工程的行为，法院会综合考虑招投标程序的合法性、国企员工的身份与利益冲突情况、以及是否存在其他违法违规行为等因素进行判断。如果行为符合法律法规和单位规章制度，且未造成不良后果，法院可能会认定该行为合法；反之，如果行为存在违法违规情形，法院则会依法作出相应判决。
法律建议：
- 对于国企员工而言，在参与招投标过程中应严格遵守法律法规和单位规章制度，确保招投标程序的合法性和公正性。
- 国企应建立健全内部招投标管理制度和监督机制，加强对招投标活动的监管和审查，防止利益冲突和违法违规行为的发生。
- 如果国企员工在招投标过程中存在违法违规行为，单位应及时进行调查处理，并依法追究相关责任人的法律责任。
可能法律后果：
- 如果国企员工通过违法招投标程序中标本单位工程，可能面临中标无效、罚款、没收违法所得等行政处罚。
- 如果行为构成犯罪，如串通投标罪、受贿罪等，还将依法承担刑事责任。
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