结论：清明节放假三天，老板扣员工工资是不合理的，除非员工存在法定应扣工资的情形。
详细分析：
法定节假日的休假权利：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十条，清明节是法定节假日，用人单位应当依法安排劳动者休假。这意味着，在清明节期间，员工有权享受带薪休假。
法定节假日的工资支付：
- 依据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第三款，法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。但这里的关键是“安排劳动者工作”，如果员工在清明节期间并未被安排工作，而是正常休假，那么用人单位就不需要支付三倍工资，但也不能扣除员工工资。
- 如果员工在清明节期间被安排加班，那么用人单位需要支付三倍工资。但本题中并未提及加班情况，所以主要讨论的是正常休假时的工资支付问题。
扣工资的合法情形：
- 一般情况下，用人单位不得随意扣除员工工资。只有在员工存在法定应扣工资的情形时（如违反公司规章制度、造成经济损失等），用人单位才能按照相关规定扣除工资。
- 清明节放假三天属于法定节假日休假，不属于法定应扣工资的情形。因此，老板扣员工工资是不合理的。
建议：
- 如果员工遇到老板在清明节放假期间扣工资的情况，可以先与老板沟通，了解扣工资的具体原因。
- 如果沟通无果，或者认为老板扣工资的行为不合理，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果老板无正当理由扣除员工工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付工资、罚款等。
- 员工也有权通过法律途径要求老板支付被扣除的工资，并可能获得相应的赔偿。
总之，清明节放假三天是员工的法定节假日休假权利，老板扣员工工资是不合理的。如果遇到这种情况，员工应该积极维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。