结论前置：清明节放三天假扣一天工资是否合法，需分情况讨论，一般情况下不合法，但若员工存在法定可扣工资情形则可能合法。以下从不同角度详细分析：
一、法定节假日的工资支付规定
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定节假日（包括清明节）是带薪休假，用人单位在法定节假日安排劳动者工作的，应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。而如果用人单位在法定节假日放假，并未安排劳动者工作，那么劳动者应当享受正常的带薪休假，用人单位不得扣除其工资。
具体分析：
- 若清明节三天均为法定节假日（实际上清明节通常只有1天法定节假日，其余为调休或周末，但此处按用户问题中的“三天假”假设分析），且用人单位未安排工作，则扣除工资不合法。
- 若其中包含调休或周末，且用人单位按照正常工资支付了调休或周末的工资，仅扣除法定节假日当天的工资（在未安排工作的情况下），同样不合法。因为法定节假日是带薪的，无论是否工作，都不应扣除工资。
二、可能存在的合法扣工资情形
虽然法定节假日扣工资一般不合法，但存在以下特殊情况时，用人单位可能合法扣除工资：
员工存在法定可扣工资情形：
- 如员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从其工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 若员工存在旷工、迟到、早退等违反用人单位规章制度的行为，用人单位也可根据规章制度扣除相应工资。但扣除工资必须合法合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
双方有特别约定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同或规章制度中明确约定了法定节假日不带薪休假或扣除工资的情形，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可能根据约定扣除工资。但这种情况较为罕见，且通常不被法律所鼓励。
三、实际案例与法律建议
实际案例：
- 假设某员工清明节三天均未上班，且其中1天为法定节假日，其余2天为调休或周末。用人单位以“放假期间不支付工资”为由扣除员工1天工资。此情况下，用人单位的行为不合法，因为法定节假日是带薪的。
法律建议：
- 劳动者：若遇到用人单位在法定节假日扣除工资的情况，可先与用人单位协商解决。协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 用人单位：应严格遵守法律法规关于工资支付的规定，确保在法定节假日不扣除员工工资。如需扣除工资，必须确保存在法定可扣工资的情形，并按照法律法规的规定进行扣除。
总结：清明节放三天假扣一天工资是否合法，需根据具体情况判断。一般情况下，法定节假日是带薪的，用人单位不得扣除工资。但若员工存在法定可扣工资情形或双方有特别约定（且不违反法律法规），则可能合法扣除。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。