结论前置：试用期自动离职，公司通常无权随意扣除1000元工资，这一做法一般是不合理的。下面我将从多个角度为你详细分析。
一、法律对工资支付的规定
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”以及《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”这些法律条款明确规定了用人单位必须按时足额支付劳动者工资，不得以任何理由（包括试用期自动离职）克扣或拖欠。
二、试用期自动离职的工资处理原则
按实际出勤结算：
- 用人单位应根据劳动者在试用期的实际出勤天数和约定的日工资标准，计算并支付相应的工资报酬。例如，如果你在试用期工作了5天，且双方约定的日工资为200元，那么公司应支付你1000元工资，而不是扣除。
扣除合理费用需合法合规：
- 若你因自动离职给公司造成经济损失（如未提前通知导致的招聘损失、培训费用等），公司可依据劳动合同约定或法律规定要求赔偿。但扣除部分不得超过你当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。同时，公司需提供充分证据证明损失与你行为存在直接因果关系。
- 具体计算：假设你当月工资为5000元，公司因你自动离职造成的经济损失为800元（需有充分证据），那么公司最多只能扣除你1000元（5000元的20%）中的800元，即实际应支付你4200元（5000元 - 800元），而不是直接扣除1000元。但在此案例中，若你仅工作了5天应得1000元，公司则无权扣除这1000元中的任何部分作为赔偿，因为扣除后你的工资将低于可能存在的最低工资标准（按日计算也需保障基本权益），且通常试用期短工的赔偿需另案处理，不应直接从工资中扣除。
禁止违法扣款情形：
- 公司不得以“自动离职”为由，单方面决定扣除全部或部分工资作为惩罚性措施。未签订劳动合同、未完成工作交接等情形均不构成克扣工资的法定理由。
三、特殊注意事项
- 服务期协议与竞业限制：若你与公司签订了服务期协议或竞业限制协议，且自动离职违反了相关约定，可能需承担违约责任。但这与工资支付是两个独立问题，违约责任的追究应通过合法途径解决，而非直接扣发工资。
- 证据留存：建议你保留考勤记录、工资条等证据，以备争议发生时举证。公司则需保存经济损失证明及扣款依据。
四、建议与行动
- 如果你认为公司扣除工资的行为不合理，可以先与公司进行协商，要求公司按照法律规定支付你应得的工资。
- 如果协商无果，你可以向当地劳动保障行政部门投诉，或者依法向当地人民法院申请支付令，要求公司支付拖欠的工资。
最后，试用期自动离职并不意味着公司可以随意扣除你的工资。如果你遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。