结论：程序员因眼睛特别疲劳不能工作，是否能获得公司补偿，需根据具体情况判断。若眼睛疲劳与工作环境、工作强度等职业因素有关，且构成职业病或工伤，则公司应给予相应补偿；若仅为个人健康问题，与职业因素无关，则公司可能无需承担补偿责任。以下从不同角度详细分析：
一、职业病或工伤角度
职业病认定：
- 根据《中华人民共和国职业病防治法》，职业病是指企业、事业单位和个体经济组织等用人单位的劳动者在职业活动中，因接触粉尘、放射性物质和其他有毒、有害因素而引起的疾病。
- 程序员眼睛疲劳若因长时间面对电脑屏幕、工作环境光线不足或过强等职业因素导致，且符合相关职业病诊断标准，可认定为职业病。
- 建议：若怀疑眼睛疲劳与职业因素有关，应及时就医，并保留好医疗记录、工作证明等证据，以便后续申请职业病认定。
工伤认定：
- 根据《工伤保险条例》，工伤是指在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害或者患职业病。
- 若程序员眼睛疲劳被认定为职业病，且符合工伤认定条件，则可享受工伤保险待遇，包括医疗费用、停工留薪期工资、伤残补助等。
- 建议：在申请工伤认定时，需提供职业病诊断证明、工作证明、医疗记录等证据材料。
二、个人健康问题角度
非职业病或工伤：
- 若程序员眼睛疲劳仅为个人健康问题，与职业因素无关，如因个人用眼习惯不良、缺乏休息等导致，则公司可能无需承担补偿责任。
- 建议：在此情况下，程序员应自行承担医疗费用，并调整工作习惯，合理安排休息时间，以缓解眼睛疲劳。
公司关怀与支持：
- 尽管公司可能无需承担法律上的补偿责任，但出于人文关怀和员工健康考虑，公司可以提供一定的支持，如调整工作环境、提供护眼设备、安排定期休息等。
- 建议：程序员可与公司沟通，提出改善工作环境的建议，以共同维护员工健康。
三、其他注意事项
证据保留：
- 无论眼睛疲劳是否构成职业病或工伤，程序员都应保留好相关医疗记录、工作证明等证据材料，以备不时之需。
法律咨询：
- 若对眼睛疲劳是否构成职业病或工伤存在疑问，或需要了解具体的补偿标准和流程，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
总结：程序员因眼睛特别疲劳不能工作，是否能获得公司补偿，需根据具体情况判断。若与职业因素有关且构成职业病或工伤，则公司应给予相应补偿；若仅为个人健康问题，则公司可能无需承担补偿责任。在此过程中，保留好相关证据材料并寻求专业法律意见至关重要。