针对“大货车扣分违章司机辞职了怎么处理”这一问题，核心在于明确违章责任归属及处理流程。以下是具体分析：

1. 违章责任主体认定
   根据《道路交通安全法》及实施条例，车辆违章的行政责任主体是驾驶人，即实际违章的司机。即使司机已辞职，其违章记录仍会绑定其驾驶证，需由本人处理（如缴纳罚款、参加学习等）。若司机拒不处理，可能面临驾驶证扣留、强制执行等后果，但不会直接转嫁至原用人单位。

2. 用人单位的潜在责任

   • 民事赔偿风险：若违章行为导致第三方损害（如交通事故），且司机行为被认定为职务行为（如执行工作任务时违章），根据《民法典》第1191条，用人单位可能需承担侵权赔偿责任，但事后可向有过错的司机追偿。
     
   • 内部管理责任：若用人单位未尽到安全教育、监督义务（如未定期检查车辆、未要求司机处理违章），可能面临行政处罚（如交通部门约谈、罚款），但不直接承担违章的行政处罚责任。

3. 处理建议

   • 联系原司机：通过书面通知（如EMS）要求其限期处理违章，保留送达证据，避免因拖延导致车辆年检受阻或额外损失。
     
   • 内部核查：检查违章是否与工作相关（如是否在执行运输任务时发生），若无关可要求司机自行处理；若相关，需评估是否需协助处理以降低民事风险。
     
   • 法律文书准备：若司机拒不配合，可准备劳动合同、违章记录、工作安排记录等证据，必要时通过诉讼主张其违约责任（如因违章导致车辆停运的损失）。
     

总结：司机辞职不影响其违章的行政责任，用人单位需督促其处理；若涉及民事赔偿，用人单位可能需先行垫付后追偿。建议根据违章性质采取针对性措施，并完善内部管理流程以规避风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。