结论：怀孕期间出勤率只有一半，发一半工资是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规角度
孕期保护原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国妇女权益保障法》的相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得降低其基本工资，或者解除劳动合同。这是为了保护女职工的特殊权益，确保她们在孕期能够得到必要的经济支持。
工资支付规定：
- 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬。如果女职工在孕期因身体原因无法全勤工作，但仍然提供了部分劳动，那么用人单位应当根据其实际提供的劳动量支付相应的工资。然而，这并不意味着用人单位可以简单地按照出勤率来折算工资，因为孕期女职工可能因身体原因需要更多的休息和照顾，这并不等同于一般的缺勤。
特殊情况下的工资支付：
- 如果女职工因孕期反应严重、需要保胎治疗等原因确实无法工作，且经过医疗机构证明需要休息的，那么在此期间用人单位应当按照病假工资支付标准支付工资，而不是简单地按照出勤率折算。
二、实际操作角度
用人单位的规章制度：
- 用人单位可能会制定内部的规章制度，对孕期女职工的工资支付进行具体规定。然而，这些规章制度必须符合国家法律法规的规定，不能侵犯女职工的合法权益。如果规章制度中的规定与法律法规相抵触，那么这些规定是无效的。
双方协商：
- 在孕期女职工出勤率下降的情况下，用人单位可以与女职工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。例如，可以调整女职工的工作岗位、工作时间或者工作任务，以适应其身体状况；或者根据女职工的实际出勤情况，结合其工作表现和贡献，给予合理的工资支付。
三、建议与后果
建议：
- 对于孕期女职工来说，如果出勤率下降且担心工资支付问题，建议首先与用人单位进行沟通协商，明确双方的权利和义务。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于用人单位来说，应当尊重和保护孕期女职工的合法权益，遵守国家法律法规的规定，合理支付工资。同时，也可以积极与女职工进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案，以维护良好的劳动关系。
可能后果：
- 如果用人单位违反法律法规的规定，降低孕期女职工的工资或者解除劳动合同，那么女职工有权向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资、经济补偿金等费用，并可能面临行政处罚或者法律责任。
总结：怀孕期间出勤率只有一半，发一半工资是否合法需根据具体情况判断。如果女职工因身体原因无法全勤工作但仍然提供了部分劳动，用人单位应当根据其实际提供的劳动量支付相应的工资；如果女职工因孕期反应严重等原因需要休息且经过医疗机构证明，用人单位应当按照病假工资支付标准支付工资。在任何情况下，用人单位都应当遵守国家法律法规的规定，尊重和保护孕期女职工的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。