结论：一个员工在两个单位分别入保险是否合法，需分情况讨论，主要取决于保险类型以及是否存在劳动关系冲突。以下是具体分析：

1. 社会保险（五险一金）
   根据《社会保险法》和《劳动合同法》，一个员工不能同时与两个单位建立全日制劳动关系并分别缴纳社会保险。原因如下：

   • 劳动关系具有唯一性：全日制员工通常只能与一家单位签订劳动合同，建立劳动关系。若同时与两家单位签订全日制合同，可能涉及“双重劳动关系”，法律上虽未完全禁止，但实践中易引发纠纷（如工伤责任划分、经济补偿金计算等）。
     
   • 社保缴纳限制：社保系统以“身份证号”为唯一标识，若两家单位均试图为同一员工缴纳社保，系统会提示重复参保，导致无法操作。
     
   • 例外情形：若员工与一家单位建立全日制劳动关系（缴纳社保），同时与另一家单位建立非全日制劳动关系（如兼职），且非全日制单位未要求缴纳社保，则可能不冲突。但需注意：非全日制员工每日工作时间一般不超过4小时，每周累计不超过24小时。

2. 商业保险
   商业保险（如意外险、医疗险等）的缴纳不受劳动关系限制。员工可自行购买或通过两家单位分别投保商业保险，只要保险合同不违反法律强制性规定（如保险利益原则），均合法有效。

   • 例如：员工在A单位工作，A为其投保团体意外险；同时员工在B单位兼职，B也为其投保同类商业险，此行为合法。

3. 特殊情况：劳务派遣或关联企业
   若员工属于劳务派遣工，实际用工单位与派遣单位可能分别承担部分社保责任（如派遣单位缴纳工伤、生育险，用工单位缴纳其他险种），但此时员工仅与派遣单位建立劳动关系，不属于“两个单位分别入保”。

   • 关联企业间若存在内部调岗或共享员工安排，需明确劳动关系归属，避免重复参保或漏保。

建议：

• 若涉及社保问题，员工应优先确认与哪家单位建立全日制劳动关系，并要求该单位依法缴纳社保；非全日制劳动关系单位可协商不缴社保或以补贴形式替代。
  
• 若涉及商业保险，员工可自由选择投保，但需注意保险条款中的“重复理赔”限制（如医疗险通常不能重复报销）。
  
• 若单位强制要求员工在两家单位同时缴纳社保，员工可向当地社保部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身权益。
  

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